肺部的疾病檢查可以通過一系列綜合方式明確，對於感染因素所導致，比如細菌、病毒、結核分枝桿菌，可以檢測血常規，拍雙肺的CT。必要時還可以進行PPD試驗，取氣道的分泌物，比如痰液進行病原體的培養明確病因。

針對於氣胸、支氣管擴張及肺泡蛋白沉積症等，都可以選擇進行雙肺CT，必要時還可以取氣道內的活組織做病理學的檢查明確。此外，支氣管哮喘、喘息性支氣管炎以及過敏性肺炎、嗜酸性粒細胞性肺炎，也可以聯合檢查肺功能明確。