各種非結核分枝桿菌，即NTM引起非結核分枝桿菌肺病預後不同。原發性肺結核分枝桿菌肺病、存在敏感藥物治療史、手術適應症。同時年齡較輕、非播散型、未與人型結核菌或HIV等混合感染，非結核分枝桿菌肺病預後較好。如堪薩斯分枝桿菌肺病多為原發性，對多種藥物敏感，預後較好。

反之繼發性、缺少敏感藥物治療或無手術適應症、年齡較大。且為播散型，與結核菌或HIV等病原微生物混合感染，預後較差。如胞內分枝桿菌及偶發分枝桿菌肺病多為繼發，缺少敏感藥物治療，預後較差。