先天性支氣管肺囊腫在CT下主要表現為單發圓形的陰影，邊界比較清楚，密度值為0-91單位。

如果囊腫與肺相通，囊內可能出現氣體改變；如果患者出現支氣管阻塞，遠端可能出現氣腫樣改變；如果囊腫比較大，對所在的肺部造成壓迫，還可以引起肺不張改變。CT還可以發現特殊部位的囊腫，比如心臟角處、橫膈處及食管處的囊腫。

CT是診斷先天性肺囊腫的最佳手段，基本可以百分之百發現先天性肺囊腫。相比X線，CT檢查對發現縱隔型先天性肺囊腫具有很大的優勢，可以指導手術的設計。