從所有神經外科手術而言，煙霧病是一種風險相對較高的手術，可能手術比較順利，但手術後也可能帶來風險。最常見大腦血流在煙霧病時，已形成自身穩定狀態，而手術對血流造成干擾，重新接入外來的血流，對原有血流形成較為明顯的干擾，稱為腦過度灌注綜合徵。導致顱內本來呈缺血狀態，重新搭橋後導致顱內血流增加，可能導致出血，也可能增加以後導致原來血流停滯和梗塞。

常見的併發症如出血風險，而腦梗塞更為常見，在對原有血流造成影響後，導致大腦裡血流重新分配，形成手術部位梗塞或原發部位梗塞。還有搭橋後可能手術中血流通暢，但手術後期造成小血管閉塞，導致手術效果並不理想。