煙霧病的術後併發症與常規腦出血相關的併發症類似，開顱手術的併發症必然涉及急性期、慢性期。急性期若採取搭橋等手段，考慮出現相應血管損傷造成梗塞，部分患者做完手術之後，可能會出現相應神經功能障礙，比如偏癱、失語、偏身感覺障礙等，甚至有些時候是偏盲。很多患者在急性期可能還會面臨感染的風險，容易發生細菌感染，或者因為抵抗力下降出現病毒感染。感染包括顱內感染，也包括肺部感染，或者尿路感染等。有些患者在急性期還有發生再出血的風險，手術中雖然已經良好止血，良好控制出血風險，但是患者在術後一段時間內，由於手術之後的一段時間不適，突發血壓劇烈波動，會引起已經止血的部位再次發生出血。如果發生腦出血，有些病人需通過再次手術解決出血問題。

此外，煙霧病手術之後如搭橋不通暢，可能患者術後神經功能無法得到改善，甚至會越來越差。對於顳肌貼敷，由於需要將肌肉貼敷到腦組織表面，會導致骨的缺損。手術之後局部區域可能出現相應的頭皮感覺功能障礙，比如麻木不適。有些患者做完手術之後，頭痛、頭暈的症狀也會持續。