煙霧病手術本身是一種增加腦血流的手術，一般順利時沒有後遺症。很多病人會感到術後的狀態比手術前好很多，所以有後遺症多為手術併發症，在出血後或大面積腦梗塞後可導致較為嚴重的後遺症。尤其出血後，可能導致病人神經功能比術前嚴重的惡化，如偏癱、一側肢體麻木、大小便失禁均可存在。

但梗塞的康復時間要根據梗塞面積大小決定，如果術後梗塞面積較大，也可能需長時間康復治療才能恢復，而很多情況下可能無法恢復到手術前狀態。煙霧病手術從循證醫學角度而言是一種相對並不完美的手術方式，並不能解決所有的腦血流問題，而且有可能出現併發症或後遺症。有部分病人手術後可能出現癲癇發作，但度過手術急性期，並經過藥物治療後，往往能夠康復。