煙霧病手術相對其它神經外科手術而言，是一種併發症相對更多的手術。手術後早期可能出現腦過度灌注綜合徵，或手術後可能出現缺血發作，且都可能影響病人出院時間。一般如果手術順利，病人往往在1-2周後出院，回家後緩慢恢復一段時間，繼續服用藥物，沒有特殊情況即可。

如果手術不順利或手術後出現其它併發症，並不是一定造成不良預後，有可能是手術後正常出現的併發症，如腦過度灌注綜合徵，腦過度灌注綜合徵就是因把顱外血流引到顱內後，導致短期血流灌注過多，大腦需時間調節，接受外來血流，再進行腦血流重新分配，往往在手術後兩週內大腦會完成自身適應，因此住院時間會延長。如果出現腦梗塞、癲癇發作，也可能導致住院時間延長，但往往在1-2周病人即可出院。