膽總管囊腫也稱先天性膽總管擴張，臨床可分為五型，各型處理原則有所不同，如先天性囊腫需將囊腫徹底切除，後進行膽腸內引流。當患者因個體情況不適合做該類手術時，可採取囊腫的外引流和單純囊腫和腸管內引流手術。先天性膽總管囊腫切除加膽管和腸管吻合後，可出現後遺症。第一、後期出現局部結石。第二、吻合口位置可出現狹窄。膽腸吻合後腸內食物或細菌會逆流引起腸膽道感染。如先天性囊腫切除不全可出現囊腫的復發。