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男性精子畸形率高由多方面原因造成，所以治療一般也要採取綜合治療，包括養成良好的生活作息習慣、鍛鍊身體、增強體質，同時還要服用一些對症的藥物等。常見影響精子質量的原因有很多，比如生殖道感染、陰囊溫度升高、精索靜脈曲張、內分泌紊亂、先天基因缺陷等， 但約60%-75%的患者找不到任何原因，這在醫學上稱為特發性男性不育。雖然大部分患者找不到原因，但也可以憑經驗進行一些治療，多數需要一個療程，約3-6個月的時間。假如治療效果不佳，可考慮人工授精或試管嬰兒。
素食主義不會影響男性精子質量。這個問題其實不需要太過於擔心，咱們可以想想解放前，農村生活水平都很低，一年到頭也吃不上一頓肉，常年都是素食，那也是可以正常的生育的，而且生好多孩子。另外，男性在治療精子過程中，也要注意在生活和調整作息，第一要避 免不良生活作息習慣，比如熬夜、菸酒、長時間開車、久坐、手機電腦輻射等，都儘量注意；還有就是心情也不能太過於焦慮，心情要放鬆，在工作和生活中不要給自己太大壓力，平時也要也要儘量進行夫妻生活，因為精子長時間排不出來，也會老化、喪失活力。
男性不育不是一個病，是一個綜合徵。很多的病到最後都可能會影響到不育，譬如有肝病、腎病、肺病、心病，都會影響到不育，五臟六腑的病都會不同程度會影響到不育。檢查範圍比較廣，通常一個男性不育患者過來以後，需要進行第一輪、第二輪、第三輪的檢查，最少有兩輪的檢查。為了給患者節省費用 ，一般剛開始來就是先查一個精液常規，叫精液分析，看一下精子有沒有什麼問題，有沒有弱精子症、少精子症、精液不化、精液凝聚的現象以及畸形率的高低、有沒有白細胞精症、紅細胞精症等，從化驗單上就可以找出原因。如果直接從化驗單上能找出原因，就可以直接就進入治療階段了。第一輪檢查費用較便宜，100塊錢左右就夠了；如果化驗單找不出來原因，雖然看到精子不好，但是不知道什麼原因，這個時候就要進行第二輪的檢查。第二輪的檢查包括抗精子抗體的檢查、前列腺的檢查、精囊的檢查、肝腎功能檢查、心功能檢查、尿液的檢查，還有內分泌系統的檢查，如男性激素檢查、甲狀腺素檢查等檢查都得做。第二輪檢查相對來說要貴一點，光抽血的檢查也就是千把塊錢；還有影像學檢查，譬如CT、X光檢查、B超檢查、核磁共振檢查，這些加起來還要再出個2-3千塊錢，總體的檢查不算很貴的。真正的不育症檢查還是要到正規醫院去，必要的檢查不要吝惜，還是要做，不把病位搞不清楚，最後治來治去花了很多錢，結果還是稀裡糊塗治不好。
男性不育症中醫裡面治療相對有優勢。如果患者查到精液常規以後出現弱精症，而數量正常，就會有屬於中醫的辨證用藥。中醫最常見的患者，就是腎陽虛患者，比如出現陽痿、早洩、畏寒、怕冷、腰膝痠軟、精子活力低下，尤其在a級活力特別低的情況下，就給予 一些溫陽的藥，最常見右歸丸這一類的經典方劑，會加減應用。臨床上最常用還有五子衍生丸，對精子的活力和數量都有很大的幫助。比如男性患者是少精子症，也看具體情況，如果精子極度少，濃度特別低，在治療3-6個月以後，中藥效果不明顯，建議要到生殖中心、男科，去做相應的檢查，查睪丸的大小、生殖器的發育，有沒有異常的情況，再做具體的檢查，具體治療。
避孕藥分為緊急避孕藥，還有長效避孕藥、短效避孕藥。長期吃避孕藥有一定的危害。如果採用短效避孕藥，常用的媽富隆、達英-35等避孕藥，會抑制排卵，起到避孕效果。所有的避孕藥通過肝臟代謝，可能吃1-2個月，危害不明顯，如果3-6個月以上，有的人會出現肝功能異常。
男人不育的原因較多，如西醫認為男性精子質量不佳或精子活力較差及射精量少均不能形成正常有效的受精卵；中醫認為男性腎陽不足、腎精不足、氣血虛、痰溼重、瘀血重、情志不調等因素均可導致男人不育。需進行辨證施治，通過望、聞、問、切，對症治療。若患者痰溼內停、瘀血阻絡引起不育，需 健脾、化痰、祛溼。若患者由於情志不調引起不育，需緩解生活壓力，有效調節情志。
男人得了不育症首先需要辨證病因。不育症包括先天性無精症，即男性患者不能產生精子，治療較為困難，需長期服藥。無精症常由先天腎氣不足、腎陽虧損、精索不通、精索靜脈曲張或者輸精管堵塞導致不能正常射精，進而導致不育，建議通過西醫手術治療效果較好。若患者腎精不足、瘀血內停、痰溼 內停導致精子質量不佳，也可導致不育。
先天性睪丸發育不全，是由於先天性因素導致男性睪丸不發育，在成年以後不能產生精子和維持正常性功能，又稱為克氏綜合徵，即男性染色體上面多出一條女性X染色體，染色體核型47XXY。屬於男性不育無精子症常見病因，患者中約10%是因為先天性睪丸發育不全導致。此類患者 通常身材高大，然後鬍鬚、喉結及陰毛髮育較差；外生殖器包括陰囊發育，睪丸大小及陰莖發育通常偏差，婚後不能正常生育。