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肝包蟲病是指肝上有包蟲性佔位，如果佔位是由囊型包蟲病引起，或由細粒棘球蚴引起，就是侷限性的囊性佔位，有完整的包膜。佔位＞4cm時先選擇手術切除，切除後再輔以腸蟲清、吡喹酮等殺蟲藥物的長期治療，即可達到較好的治療效果。如果浸潤範圍較大，還可以選擇半肝切除或肝移植，來挽救包蟲引起的肝臟損傷，然後再輔以後期的藥物治療。
肝區疼痛可見於多種疾病，如膽囊結石、肝膿腫，以及原發性佔位病變如血管瘤，還有肋軟骨炎、肋間神經痛、胸膜炎、肺炎等。較多原發性佔位病變的肝功能處於正常狀態，但B超檢查有問題，因此需分情況討論。
對於肝內膽管結石，大部分患者需要通過手術取出結石，如果結石直徑超過一公分，或者結石直徑小於一公分，但結石多發並且出現膽道梗阻表現，需要通過手術治療解決問題；若膽管結石直徑小於一公分，同時患者沒有膽道梗阻表現，認 為可以密切觀察病情發展，也可先嚐試口服熊去氧膽酸等消炎利膽類藥物進行治療，部分患者可以排出結石。
肝吸蟲病根據患者體重計算服用吡喹酮的量，由醫生根據體重評估，計算需服用總量，通常該量分成2-3天服用，必要時次月可再進行重複治療。因部分患者會出現胃腸道、心臟、神經系統副作用，通常嚴重的患者需住院，若病情較輕在家服藥，治療期間需有人陪同；無家人陪同情況下，建議住院治療；有肝腎疾病或精神症狀的患者，服藥期間需嚴密監測。此外，該藥孕婦禁用，產婦哺乳期間服用藥物，禁哺乳。