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顱內感染一般起病較急，但由於病原體不同導致前驅感染起病時間不同。一般病毒性腦炎前驅感染1-2周，可存在呼吸道感染症狀或腸道感染症狀，出現發熱、頭痛、嘔吐、抽搐、昏迷，則屬於嚴重的神經系統症狀。一般起病較快，5-7天達到高峰，7-14天病情處於恢復期。細菌性腦膜炎 起病與病毒性腦炎疾病一樣急，一般起病後1-2周出現高峰，持續2-4周。
顱內非特異性感染包括繼發於腦出血後的顱內感染等，發病原因較多，如細菌、病毒、黴菌、支原體，衣原體等感染。此種非特異性感染並不指病因為某一種病原體，而是指外在病原體造成從特徵上比較相似的一組症候群。這組症候群通常 表現是發熱、頭痛、脖子硬等，部分患者伴有意識障礙，需通過核磁共振、腰椎穿刺、腦脊液培養等方法以明確不同感染原。之後根據感染原不同，可採取不同治療方法，如抗生素治療、抗病毒治療、抗黴菌治療等。
顱內感染不同類型的治療方法不一樣。兒童期尤其在夏季最常見的腦炎為病毒性腦炎，病毒性腦炎為自限性疾病，常規僅出現輕微低熱、頭痛，甚至伴隨嘔吐，但多數患者精神情況良好、意識清楚。一般不需要太多藥物干預，對症處理即可。如頭痛非常劇 烈，需給予降顱壓藥物、積極補液，觀察精神狀況和生命體徵，病毒性腦炎大部分1-2周可自行恢復。
小兒顱內感染可分為輕重型，輕症通過對症處理，積極治療後多數未遺留後遺症。而嚴重腦炎可遺留危重後遺症，最常見後遺症即為小兒腦實質損害，可導致小兒偏癱、智力發育落後，或出現癲癇發作、聽力、視力喪失、精神行為異常、嚴重的智力、語言障礙等。
新生兒顱內感染均屬於較為嚴重的疾病，可能是新生兒敗血症、新生兒肺炎，或者新生兒腸道感染等感染性疾病的併發症之一。新生兒如果出現顱內感染，可表現為體溫過高，即發熱或者體溫不升，少吃、少哭、少動、反應比較差、過於煩躁、腦性尖叫、抽搐、角弓反張、四肢肌張力異常、前囟飽滿以及顱內壓增高等臨床表現，死亡率比較高，可以危及生命。部分新生兒顱內感染治癒以後，可能會留有腦癱、耳聾、腦積水、智力低下、癲癇或者語言障礙、發育落後等後遺症。
顱內感染早期一般可出現發熱、頭痛、噁心、嘔吐等表現，如果感染僅累及腦膜，可出現頸項強直，查體有頸抵抗、克氏徵、布氏徵陽性。但如果病變除了侵犯腦膜，還侵犯腦實質，即為腦膜腦炎。此時除了頸項強直、克氏徵、布氏徵陽性外，還可以出現局灶性神經功能障礙，比如病灶對側出現肢體癱瘓、感覺障礙，甚至語言障礙、認知功能障礙、記憶障礙，嚴重病人還可以出現嗜睡、昏睡，甚至昏迷。