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胃腸道間質瘤分低危、中危和高危，發生復發轉移，多數都是高危患者。而高危患者的診斷是瘤體要>5cm，即在高倍視野病理檢查下，每一個視野裡面有5個以上的高危腫瘤。因此，復發的症狀大多數都是患者處於晚期狀態。而復發的症狀就是腫瘤壓迫周圍的鄰近器官，帶來壓迫 症狀，有時有破裂出血，劇烈腹痛症狀。因此臨床上出現復發的症狀，多數情況要立刻就診，由醫生進行有效處理，否則一旦破裂出血，立即會危及生命，必須馬上急診手術才能解決問題。
對於可以切除的胃腸間質瘤，一般會在術前做充分的評估，會與患者做充分的溝通與交流，特別是做腹部手術的時候，會因為腹部傷口疼痛而導致術後不敢咳嗽，不敢咳痰。所以在術前，對於老年病人或者是有慢性阻塞性肺疾病的患者，術前訓練咳嗽、咳痰，在有腹帶保護或者是 有外力保護的情況下咳痰。避免術後不經意的或者是長期的嚴重咳嗽導致傷口裂開，或者嚴重的情況出現。術後建議患者早期下床，早期活動，因為早期的下床，早期活動能避免長期的臥床導致墜積性的肺炎，導致術後的腸道麻痺，術後早期通關排氣之後，腹脹不適也會明顯的減輕。而且對於飲食，早期可以讓患者喝適量的水促進通氣，促進胃腸道恢復。當胃腸道恢復之後，開始慢慢進食低渣、半流質的食物，直至過渡到正常的飲食。
胃腸間質瘤分為低危、中危、高危，比如直徑相對比較小的胃腸間質瘤，如2cm，對於這類型的腫瘤，往往能夠手術切除，手術切除之後，通過病理切片的化驗，判斷處於哪種危險程度。
胃腸道間質瘤破裂常伴隨腹腔內出血的症狀，屬於外科急腹症範疇，患者常表現為明顯腹痛，出血明顯者甚至可導致休克、心率加快、血壓下降等情況，需要立即進行急診外科手術，術中切除腫瘤，儘量清除腹腔內積血，以及有可能造成播散的腫瘤組織。術後如明確診斷 為胃腸間質瘤，還需進行輔助藥物靶向治療，以防止胃腸道間質瘤的復發。
胃腸神經官能症的診斷要比較慎重，主要是排除胃腸道器質性疾病，通過胃鏡、腸鏡檢查沒有發現器質性疾病，可以診斷為胃腸神經官能症。胃腸神經官能症屬於功能性胃腸病，可以從以下方面進行治療：
目前根據國內外的臨床觀察及研究試驗，發現中高危的患者術後復發風險很高，因此需要藥物治療。胃腸間質瘤手術以後，即R0切除以後已經把間質瘤切乾淨，但是胃腸間質瘤根據腫瘤的危險度分級，分成極低危、低危、中危和 高危。目前來說中高危的胃腸間質瘤術後復發的可能性非常大，如果是高危，幾乎百分之百復發。
胃腸道間質瘤基因檢測是非常重要的步驟，能夠協助疑難病例的診斷、制定術前的治療策略、判斷預後，同時能夠預測靶向藥物治療的療效，幫助制定輔助治療的方案，以及對於晚期復發，或者轉移性的胃腸道間質瘤，到底用什麼樣的藥物更好，給予藥物指導等。具體而言，對於腫瘤來講胃腸道間質瘤的發病機制，是目前研究最透徹的疾病。胃腸間質瘤最主要是由於C-KIT基因和PDGFRα基因突變導致，所以基因檢測在胃腸道間質瘤的診斷中，本身就有非常重要的價值。
胃間質瘤術後恢復時間與手術方式、病變切除範圍存在密切相關性，如微創腹腔鏡手術，恢復相對較快，術後2-3天即可下床活動，3-5天恢復流質飲食時即可出院；病變範圍廣、手術範圍較大者，恢復時間相對較長，大部分患者術後7-10天能夠恢復正常的飲食以及日常活動，同時達到 出院狀態。術後10-14天門診複查，同時腹部拆線。
胃腸道間質瘤術後的飲食跟常規的消化道的術後飲食一樣，即一定要注意保持消化道的通暢問題，在該原則的情況下，還對胃腸道間質瘤的病人有特別的要求，具體情況如下：1、要做飲食的調養，以溫、軟、淡、素、纖為主，一般惡性腫瘤的病人都有該要求；2、要管住嘴叫忌嘴保養，對 於過冷、過燙、不消化、辛辣、過粘、黏稠的食物，要對病人進行控制，而且特別注意一定要戒菸酒，如果病人還要服用藥物，則在飲食後再給其藥物，對病人胃黏膜有個好的保護；3、胃腸間質瘤的病人，總體上其心理負擔較重，所以要給其較好的、舒適的環境，即要靜心，且疏導很重要，現在各種文章都會報道，胃腸道疾病跟人的精神狀態密切相關，所以如果病人處於比較緊張的狀態，其胃酸分泌等都會出現不平衡的情況；此外，生命在於運動，要鼓勵病人多去運動；保暖護胃，要注意胃腸道保暖，及時添衣；胃腸道間質瘤是個長期的疾病，所以所有的飲食都是貫穿到整個疾病的治療過程。
當發現胃腸道間質瘤的時候，會根據部位的不同，選擇不同的手術方式，腫瘤及相應的周圍的正常的組織一併切除。如果需要會做胃腸道的重建，所有腹部手術或者是胃腸道方面的手術，術後會有腹脹、麻痺性腸梗阻，嚴重的情況下就會出現噁心、嘔 吐。這種情況下出現的時候，會建議早期下床活動，促進胃腸道的功能，早期恢復。
胃腸道間質瘤的治療多采取以手術治療為主的綜合治療，其中手術治療為首選方法，然後根據胃腸道間質瘤的惡性程度來進行術後的輔助治療，常見的藥物治療中，伊馬替尼最常用，目前該藥已經國產化，在國外該藥又稱為格列衛。具體用藥請結合臨床，由醫生面診指導為準。