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卵巢囊腫手術後，患者需要注意胃腸道、膀胱和生殖系統恢復的情況。通常採用腹腔鏡或者開腹的方式，腹腔鏡通常為全麻，開腹手術可能是腰硬聯合麻醉或全麻，根據卵巢囊腫的嚴重程度分析。患者通常術後24小時拔除尿管，如果同時切除子宮 ，則是術後48小時拔除尿管。拔尿管後要及時排尿，避免發生尿瀦留。
卵巢囊腫對卵子的生成通常沒有影響，但也需根據不同類型的囊腫分析。隨著卵巢囊腫的長大，對正常卵巢組織進行侵蝕，可能殘餘卵巢、正常卵巢越來越少，甚至在卵巢囊腫做完手術後，剩餘卵巢僅剩一層卵巢皮，導致卵巢功能有可能下降，若發現不應該拖延，有手術指徵的患者及時手術，避免卵巢囊腫長得過大，對正常的卵巢組織破壞嚴重，影響卵巢功能。
巧克力卵巢囊腫即巧囊，為卵巢子宮內膜異位症的一種，可能引起痛經、不孕等症狀，影響卵巢功能。通常好發於育齡區的女性，伴有痛經或在體檢時常規檢查發現，根據囊腫直徑的大小分析危害，具體如下：
卵巢囊腫手術後理論上對懷孕、同房的影響不大，因為手術沒有觸及陰道、子宮，並不影響性生活。但手術後女性比較疲憊、喘氣費勁，對性生活的興趣較低，希望能夠得到良好的休息，所以通常建議至少1個月後即下次 月經結束後，身體逐漸恢復後再進行性生活。
卵巢囊腫通常指卵巢囊性腫塊，多數為良性腫塊，可以進行開腹手術，也可進行微創腹腔鏡手術，如今大部分患者選擇腹腔鏡手術進行治療。微創類手術通常在肚臍眼旁邊切開1個小口，然後放入相應器械，此時會放入1個高清攝像頭，可以觀察到整個內部的情況，幫助醫生順 利進行手術。然後在肚子其他部位再放入其他器械，切口大概為0.5cm，通過特殊器械將卵巢內囊腫取出。
一般情況下，B超發現卵巢出現一個6cm的囊腫，醫療原則上應該告知患者進行手術。因為超過5cm的卵巢囊腫，很可能是個病理性囊腫，具備手術指徵。卵巢腫瘤的良性和惡性很難區分，有時超過5cm也可能是不好的腫瘤，很可能當成普通囊腫進行手術，結果囊腫破裂以後， 發現基底位置上有乳頭樣凸起，病理檢查發現是卵巢癌。卵巢癌早期不容易被診斷，所有附件上的腫物，做手術之前，需按惡性腫瘤進行術前準備，隨時準備淋巴清掃，切大網膜等。