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良性卵巢囊腫有時也會導致CA12-5升高，CA12-5升高不能作為鑑別良惡性的主要指標。CA12-5非常敏感，無論良性腫瘤還是惡性腫瘤，甚至感冒、發燒都有可能導致CA12-5升高。
有文獻報道，卵巢囊腫直徑10cm以上易發生惡變，但此結論並未得到公認，因卵巢小囊腫亦有突然發生惡變的可能。生理性卵巢囊腫屬於贅生物一般較少發生癌變，病理性囊腫應及時手術治療以免癌變。卵巢囊腫惡性變的高危因素有以下幾點：
卵巢惡性腫瘤在發現的時候，大多數已經是晚期。正常情況下，小腹部恥骨聯合以下的部位是卵巢，在盆腔深處，如果是早期的卵巢腫瘤，實際上沒有症狀。只有到卵巢惡性腫瘤晚期會引起大量腹水，或者是引起消化道症狀，才會引起注意。因為早期卵巢腫瘤不是會引起疼痛，或 者引起子宮異常出血，所以在早期沒有特異性表現，感覺肚子脹、腹水多，甚至摸到肚子上有包塊時已經是卵巢腫瘤Ⅲ期-Ⅳ期。
懷孕有可能引起卵巢囊腫，因為在懷孕早期，體內分泌大量孕激素、雌激素等。激素會作用於卵巢組織，而導致黃素化囊腫，即卵巢有囊腫生長。黃素化囊腫通常屬於生理性，在懷孕3個月以後體內激素趨於平穩，囊腫會自行消退。極少數卵巢囊腫，稱為黃體化囊腫或黃素化囊腫，有可能過於增大以後發生扭轉等，可能需要手術，通常無需進行任何干預。
通常患者出現卵巢囊腫和性生活無明顯關係，卵巢炎性包塊與性生活活躍和不潔的性生活明確相關。主要是由於不潔的性生活，使生殖道病原體從陰道轉移到子宮，蔓延到生殖道附件，形成附件炎性包塊，導致輸卵管積水、積膿，甚至發生卵巢的積水和積膿，最後與輸卵管包裹、扭曲，形成輸卵管卵巢膿腫。
妊娠期患者的卵巢黃素化囊腫，可通過超聲內介導進行囊液抽吸手術，但持續存在或有增大趨勢的囊腫，不建議進行超聲引導的抽吸手術。因為手術需將囊壁完整剝除和切除，生長過快的囊腫存在惡性傾向，手術可對惡性腫瘤造成醫源性播散。
患者卵巢內6cm囊腫自行消失屬於正常情況。生理性囊腫患者卵巢內富含囊液和卵泡，在下次月經來潮後可自行消退。如卵巢的黃體囊腫，隨著女性的週期來潮，排卵後形成黃體，部分患者經過促排卵治療後，黃體會增大超過6cm，屬於正常促排卵後的黃體囊腫。