如果是肺炎支原體引起的輕中度肺炎，而且患者免疫功能狀態完全正常，不治療完全可以自愈。如果是引起的重度肺炎，不治療很難自愈。
此外，如果患者本身是免疫功能狀態低下，比如有嚴重的基礎疾病、嬰幼兒，老年人或者長期應用免疫抑制劑，有血液系統的疾病、有惡性腫瘤，這種情況下即使引起輕中度肺炎，不治療也很難自愈。此外生殖道支原體、人型支原體，還有解脲支原體引起的泌尿生殖道感染，無論男性還是女性，不治療常常會引起復發。對於生殖道的支原體感染，主張針對支原體用藥，而且療程應該適當延長。如果療程不夠，過早停藥也會引起復發，所以主張應用2-3周的時間。