急性附睪炎大多數時由細菌感染引起來的，最常見引起的細菌是大腸埃希菌，其他還有金黃色葡萄球菌、鏈球菌等，特別是見於最近接受過器械檢查或者留置尿管的患者，以及泌尿系統解剖性或者功能性異常的患者。對於35歲以下的人群，淋球菌和沙眼衣原體也是引起急性附睪炎的重要致病因素。另外，布魯氏桿菌和某些病毒也可以引起附睪和睪丸的急性感染，感染因子可以通過輸精管、血管、淋巴管或者直接通過周圍組織的損傷到達附睪和睪丸引起炎症。主要的感染途徑是局部的炎症擴散，大多數來源於尿道或者膀胱的感染。血液感染途徑比較少見，一般是通過輸精管道獲得感染，易引起附睪炎，而通過血行感染的細菌可能導致睪丸炎。