急性附睪炎發生的時候需要臥床休息，托起陰囊，早期可用冰袋冷敷，避免性生活，其主要治療是抗生素治療，在使用抗生素前應留取尿樣標本，進行細菌培養及藥敏試驗，常規行衣原體檢測，經驗性使用頭孢類抗生素點滴，加大環內酯類或喹諾酮類抗生素口服，以後根據培養結果選擇敏感抗生素，通常靜脈給藥1-2周後，再口服抗生素2-4周.
對於衣原體感染的患者，可選擇大環內酯類或喹諾酮類抗生素口服，療程2-4周，性伴侶應同時檢查。治癒的標準是體溫正常，陰囊局部腫痛消失，血常規、尿常規正常，陰囊彩超顯示附睪睪丸的血流信號，恢復正常。因此當急性附睪炎發作時需要禁慾，按照藥物治療療程至少6周，6周後可根據複查結果，如達到治癒標準才考慮進行性生活。