附睪炎的最佳的治療方法，是使用喹諾酮類抗生素進行治療，比如左氧氟沙星。因為附睪炎基本是由泌尿男生殖系統常見的致病菌所引起，如大腸肝菌、金黃色葡萄球菌，或者變形桿菌入侵進入了附睪，所以造成了附睪的炎症。而喹諾酮類抗生素本身高效、低毒，而且在睪丸內分佈的血藥濃度相對較高，所以一直以來都是附睪炎感染的首選抗生素。
當然，在治療附睪炎的同時，也可以參照祖國醫學清熱通淋的治法，給予癃清片、複方金錢草這樣的藥物進行配合治療，患者好的會更快。另外，針對長期出現的附睪炎，特別是附睪有硬結的患者，也可以考慮讓患者去理療科，採取溫熱的理療療法，往往對於快速消腫、緩解疼痛，也有很好的治療效果。