附睪炎主要是由細菌、支原體、衣原體等致病微生物所造成，因此附睪炎的治療主要是以抗生素為主。通常覆蓋菌種比較全面的抗生素主要是廣譜抗菌素，例如喹諾酮類、左氧氟沙星、莫西沙星、環丙沙星等等，頭孢菌素類，例如頭孢克洛、頭孢地尼、頭孢克肟等等，還有大環內酯類，例如阿奇黴素、米諾環素等。附睪炎雖然起病急，但是消退起來十分緩慢。因此要注意藥物療程要足夠，通常1-2周基本疼痛可以消失、明顯消腫，但是要做到完全使腫物結節消散有時需要4-6周，甚至更長的時間。