附睪炎可分為急性和慢性兩種類型，在急性附睪炎的治療當中，除禁止性生活、托起陰囊等，一般處理外抗生素治療是主要的治療方案。在治療前需留取相關樣本進行細菌培養和藥敏試驗，常規行衣原體檢測，經驗性推薦使用頭孢類抗生素靜脈點滴，加大環內酯類或喹諾酮類抗生素口服，以後可根據培養的結果選擇敏感的抗生素，通常靜脈給藥1-2周後再口服抗菌藥物2-4周。對衣原體感染的患者可選擇大環內酯類或喹諾酮類抗生素口服，療程2-4周，性伴侶應同時檢查。
其他藥物包括止痛藥物，可選用口服的鎮痛藥物或者利多卡因精索封閉。抗炎的非甾體類藥物，對治療急性附睪炎也有一定的幫助，而中藥製劑可以改善微循環，減少睪丸附睪的纖維組織生成，縮短病程。慢性附睪炎的治療包括抗生素治療，在急性發作期予以抗生素治療兩週，應用選擇頭孢類或者喹諾酮類的藥物，衣原體感染可選用大環內酯類的，其他藥物應用主要也包括非甾體類藥物和中藥。