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肝右葉膽管結石最主要的治療就是手術根治性治療，肝右後葉膽管結石的患者可能會長期存在上腹部的隱痛不適，合併有膽管炎時會出現寒戰、高熱，所以，此時應該儘早行手術根治性治療，通過手術取盡石頭，解除膽道梗阻，並且術後保持膽汁引流通暢，從而達到根治性治療。
如果是肝內膽管結石患者，一般無明顯症狀時，3-6個月進行一次複查。但如果是膽總管結石，那麼需要積極處理。如果肝內膽管結石出現腹痛、發熱、黃疸等膽道症狀或者有可疑惡變傾向，應及時到正規醫院就診，並進一步密切觀察。
肝膽管結石吃藥能排出，但西藥目前沒有特效的方法，中藥可以試一試，排石過程中如果出現梗阻性黃疸、胰腺炎等情況要及早採取措施，ERCP是最佳選擇。肝膽管結石分類根據結石所在的部位進行，肝內膽管的結石通過中醫中藥排石的方法可以排出，膽總管結石中小的結石也有排出的可能，肝膽管的小結石也有排出的可能。
肝切除手術的恢復時間一般是5到10天，一般術後三天就可以恢復飲食了，腹部切口在術後一週就能拆線，完全恢復大概需要一個月的時間。膽管切開取石手術需要在膽管裡放置T管，T型管放置的時間大概是4到6周，4到6周以後經過T管造影以及膽道鏡檢查，確認沒有殘留結石就可以拔掉了。膽腸吻合手術因為要切斷小腸，再把小腸和膽道重新接起來，對腸道功能會有比較大的影響。
膽管結石的手術時間很難判斷，簡單的膽管結石手術時間可能僅需不到1小時，而複雜的膽管結石手術時間有可能需要5-6小時，甚至有時一次手術無法完全根治，還需要多次手術才能夠完成。相比肝內膽管結石，肝外膽管結石治療較為簡單，可以通過膽總管切開、膽道鏡取石或者內鏡ERCP的方式進行治療，一般手術花費時間相對較短。而肝內膽管結石較為複雜，不僅存在結石，而且還會造成病變膽管狹窄，甚至還有可能引起肝臟的萎縮和癌變。這時手術方式並不是單純地取出結石，還應當注意解除狹窄、通暢引流，必要時還需要通過切除部分肝臟，才能夠達到治療目的，會造成手術時間明顯延長。而對於肝內廣泛結石的患者，甚至有時候還需要分次進行手術，否則患者很難耐受。