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早期的腦血栓痊癒時間，需根據到達醫院進行溶栓時間，及梗塞大小進行判斷，不是所有患者都能治癒。通常在血栓形成後，3-6個月是自體恢復的黃金時間。如果早期進行溶栓治療，如在發病3-4.5小時內，即可到醫院進行阿替普酶，或尿激酶溶栓治療，血栓溶解後，大部分患者即可很 快痊癒。但如果錯過最佳治療時機，需根據梗塞面積、部位進行判斷。
腦血栓微創手術即取栓治療，一般在腦梗6小時內進行，是風險相對比較小的手術，屬於4級手術。主要危險是介入後出現腦出血、再灌注損傷、夾層動脈瘤二次栓塞等，對於腦梗取栓治療，要嚴格把握適應證，避免引起併發症或者後遺症。
部分腦血栓會導致痴呆，又稱為血管性痴呆，老年痴呆、阿爾茨海默病等，通常為神經系統變性疾病，同時有血管參與，所以腦血栓可能是引起痴呆的部分原因。當患者部分關鍵部位發生梗死，如顳葉、海馬等與認知相關的部位出現梗死後，會發現患者記憶力水平下降，語言能力出現障礙等，這類腦血栓會引起痴呆，且發生較快。
腦血栓若想得到較好的治療效果，一般需要抓緊治療的時間，尤其是在發病3-4.5小時內，如果能夠及時到醫院進行阿替普酶或者尿酶溶栓治療，此時腦血栓的預後效果與耽誤溶栓治療的患者完全不同。大部分患者進行溶栓後沒有效果，還可通過過橋接治療取栓，也可達到較好的效 果。因此，腦血栓患者若早期進行溶栓或者取栓，可能完全康復。若失去最佳治療時機，一般可根據以下病因進行治療：
腦溢血和腦血栓，是完全不同的兩個概念。腦溢血指供應頭部的血管因為局部的外力、高血壓以及其他原因，比如系統性疾病、血管畸形等，使血管破裂、出血。腦血栓原因有多種，包括高血壓、糖尿病、高脂血症，長期抽菸、飲酒等，因為各種原因導致血管局部急性阻塞或明顯狹窄。
腦血栓和腦梗有一定的區別，腦梗統稱為腦梗死，包含著腦血栓的形成，還包括腦栓塞以及其他血流動力學原因引起的腦梗死，因此腦血栓是腦梗的一種發病形式。腦血栓是指供血的血管本身有狹窄或病變，而在狹窄的基礎上發生閉塞，導致遠端供血的腦組織因缺血而壞死。
腦血栓和腦梗塞有一定區別，腦梗塞是舊稱，一般稱為腦梗死。腦梗死包括腦血栓形成，還包括腦栓塞和血流動力學異常引起的腦梗死，所以腦栓塞應該屬於腦梗死中的一個類型。腦血栓主要是供血動脈的急性閉塞或狹窄，主要由血管本身的病變而引起，比如動脈粥樣硬化性腦梗死。