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兒童腸胃功能紊亂恢復時間因人而異，如果單純飲食因素導致的腸胃功能紊亂，可以通過飲食調整，或者適當口服幫助消化的食物、藥物等進行輔助性治療，一般1周內即可恢復。通常飲食因素所致者恢復較快，如果本身存在腸道疾病，尤其是腸道急性疾病，如急性腸炎病毒感染，則不同的病毒性腸炎恢復時間不同。
從長遠角度而言，兒童胃腸疾病的預防需保證兒童正常生長發育，身高、體重能正常增長。隨著年齡增長、體重增長，兒童胃腸功能可能逐漸完善，胃腸疾病可能逐漸好轉。如果兒童身高、體重增長較慢，有明顯營養不良，則胃腸功能肯定較差。多 數情況下，腸胃道疾病需妥善管理，具體如下：
幽門螺桿菌感染後，一般指標的高低與疾病的嚴重程度不成正比，即並不是指標越高，疾病越嚴重，通常結果陽性代表幽門螺桿菌可能存在或治療後未清除，具體疾病的輕重需從幽門螺桿菌感染後的表現判斷。部分兒童感染幽門螺桿菌後無任何症狀，部分是在體檢中發現，因此病情不一定嚴重。但也可出現嚴重症狀，如食慾下降、生長發育遲緩、不明原因的貧血，甚至可能出現嘔吐。
兒童腸胃不適伴嘔吐，多數情況可以通過飲食調整、病情觀察、護理，自行恢復正常。如果因為飲食不當、進食過多出現腸胃不適或者伴嘔吐，兒童吐完後再少量多餐，症狀即可逐漸緩解，多數兒童通過這種調整即可好 轉。
輪狀病毒腸炎是秋冬季嬰幼兒腹瀉的重要原因，表現為稀水樣便、嘔吐，伴發熱等呼吸道症狀，一般持續3-8天。多數患者無需任何處理，可逐漸自行好轉。由於嘔吐、腹瀉容易出現電解質紊亂，所以治療、護理過程中需進行補液，避免脫水和 電解質紊亂的發生。如果能夠經口進食，建議儘量口服補液鹽、正常飲食，保證足夠食物、液體攝入，避免脫水情況發生。
從廣義上講，腸胃炎會出現大便性狀改變、消化道症狀。從狹義概念講，由於感染後導致腸胃炎，如病毒性腸炎、細菌性腸炎等。病毒性腸炎一般1周左右能逐漸恢復到正常，而細菌性腸炎根據不同細菌，恢復時間可能有所不同，多數患者1-2周左右能逐漸好轉。
兒童腸胃功能與體重呈正比，如果體重能夠達到一定程度，消化功能也會好轉。因此小年齡兒童脾胃功能較弱、消化功能較弱，宏觀角度而言，需保證正常的生長發育，身高體重增長後，消化功能也可逐漸恢復、完善。