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細菌性心內膜炎患者要儘早、足療程的應用抗生素治療，最多見的感染細菌是草綠色鏈球菌，首選青黴素靜脈治療，對於青黴素過敏的患者可以選擇紅黴素類抗生素。細菌性心內膜炎不像其它部位感染，比如尿路感染、肺部感染等感染，尿路感染可能使用抗生素一週就可以治癒。但是細菌性心內膜炎抗生素的療程較長，大多都在四周以上。首先經驗性的應用抗生素治療，觀察療效怎麼樣，同時要通過血培養來確定病原菌，再針對性進行抗感染治療，可以減輕對心臟瓣膜的損害，保護心臟功能，防止和減少併發症發生。但是對於藥物難以治癒的病原體感染病灶，可以考慮進行外科手術治療。
風溼性心內膜炎主要侵犯的部位是二尖瓣和主動脈瓣的瓣膜緣，它是風溼性心臟炎的一部分。早期表現是瓣膜部位充血、腫脹、肥大，初期表現是漿液性滲出，後期可以導致纖維素樣的滲出，逐漸出現瓣膜表面顆粒樣贅生物。有時會引起 瓣膜粘連，最終導致二尖瓣和主動脈關閉不全，反覆發作會造成瓣膜疤痕形成，導致風溼性心瓣膜病。有的會累及瓣膜臨近組織、腱索，引起瓣膜變形和功能障礙。
心內膜炎即感染性心內膜炎，發病原因大部分是存在基礎心臟疾病，比如有二尖瓣瓣膜病或者合併房間隔缺損、室間隔缺損、動脈導管未閉等先天性心臟病。另外，部分做過心臟瓣膜手術、存在基礎心臟疾病的病人，在有感染的情況下，尤其是合併血行感染時，細菌容易在心內膜、心瓣膜出現。如果細菌在此處定居，而且在此處不斷繁殖，有纖維素、血小板沉積，會形成感染性心內膜炎。對於感染性心內膜炎的患者，可以看到心臟瓣膜部位有菌栓、贅生物形成。心內膜炎贅生物基本上不會穩定，菌栓脫落可以引起其它臟器感染。腳氣、口腔拔牙感染，經過血液傳播，細菌在血液中出現，而存在菌血症的情況下，患者可能會發生感染性心內膜炎，主要症狀表現是持續、反覆發燒。
對於非醫學人士來講，感染性心內膜炎治癒的標準分為非手術治癒和手術治癒這兩種情況，具體如下：1、非手術治癒，其標準是在應用抗生素4-6周後，患者自覺症狀緩解或消失，無發熱表現，檢查發現脾臟縮小，紅細胞和血紅蛋白指標逐漸上升。感染指標比如血常規、血沉、C-反應蛋白、PCT等逐漸下降並恢復正常，超聲心動圖檢查可見原本存在於心內的贅生物縮小甚至消失。在停用抗生素治療第1、2、6周時，抽血培養是陰性，提示沒有細菌，可表示非手術治療治癒；2、手術治癒指術後患者恢復正常的血流動力學，且心功能得到改善。超聲心動圖提示術後一週和停用抗生素之後，心內畸形矯正良好，心臟瓣膜功能良好，沒有贅生物，沒有瓣周漏，則提示患者外科治癒，其標準與內科治癒相同。
感染性心內膜炎在臨床中也是比較常見的一種疾病，但可能在下級醫院因經驗不足，不一定能夠準確找出原因。若患者為感染性心內膜炎，首發症狀可能是以發熱為主。發熱患者先要做的檢查應與感染相關 ，以尋找感染的原因，比如需要查炎症指標，即血常規、血沉、C-反應蛋白、PCT等。
急性細菌性心內膜炎需及早治療，採取有效抗生素治療是治癒本病最根本因素。一般選用大劑量青黴素、鏈黴素、頭孢菌素等殺菌劑，並維持血液中有效血藥濃度。藥物可穿透血小板纖維素贅生物，殺滅贅生物中的纖維蛋白和血栓，掩蓋表面細菌達到根治瓣膜感染、減少復發的危險。
對於感染性心內膜炎的治療，有的患者可以進行內科治療，有的患者需要手術治療，並不是所有患者一定需要做手術，具體情況分析如下：1、分析感染性心內膜炎形成的贅生物的大小，若贅生物偏大，大於1cm，可以通過抗生素單純藥物治療，但贅生物能夠消掉的可能性相對會小。而且贅生物偏大，贅生物脫落引起栓塞的風險偏大，這類患者需要做手術；2、感染性心內膜炎的患者，因為細菌感染可能引起瓣膜穿孔，可能引起患者出現心衰的情況，在心衰無法控制的情況下，也需要考慮儘早做手術；3、感染性心內膜炎患者的感染灶是在心臟以內，血液通過心臟會流到全身各處，所以若感染灶持續存在於心內，可能抗感染效果不佳，對於這種感染無法控制的患者，也需要考慮儘早做手術。
目前認為草綠色鏈球菌是亞急性細菌性心內膜炎最常見的致病菌，當心髒的內膜出現損傷或者心臟瓣膜損傷時，草綠色鏈球菌通過皮膚創口或者與外界相通的腔道，比如消化道或者呼吸道，進入人體的血液循環，隨 著血液循環定植在心臟瓣膜上，形成贅生物。贅生物表面會有纖維蛋白的沉積，最後亞急性細菌性心內膜炎的致病菌積聚在贅生物的核心部位，當贅生物脫落時，這類細菌就隨著贅生物，定植到其它人體重要臟器上。