上火牙齦痛和智齒痛可以通過疼痛的部位、程度、緩解方法以及X線檢查等方法區分。

上火牙齦痛是由於機體的抵抗力低下，口腔內存在發炎的潛在因素，導致牙齦發生炎性反應而引起的疼痛，往往表現為鈍性疼痛，牙齦會有紅、腫、熱、痛的表現，可能不侷限於某一個牙齒的牙齦。通過清淡飲食、漱口、刷牙、服用清熱解毒藥物等措施處理後，這類疼痛一般會在幾天內得到緩解。

智齒疼痛一般存在於智齒萌出的整個過程，可能由於智齒在萌出過程中刺激牙槽骨和牙齦，或食物殘渣引起局部發炎等原因引起。智齒引起的疼痛比上火牙齦痛的痛感強烈，有的患者甚至會張不開口，影響進食。疼痛初起時一般侷限在智齒萌出部位，可以看到萌出部位紅腫，之後可能會出現放射性疼痛，如感染擴散到咽喉引起咽部腫痛，引起牙髓炎會放射到頭面部，引起較嚴重的疼痛。智齒痛一般不能通過刷牙等措施緩解，有時需要服用抗生素以及止痛藥緩解。疼痛可能會伴隨智齒萌出的整個過程，直至正常萌出後消失。

最確切的區分辦法是通過X光片檢查，如果是智齒痛很容易發現牙齒正在萌出，而上火引起的牙齦痛則看不到正在萌出的牙齒。有的智齒X線檢查發現位置異常，出現阻生，會引起反覆發炎和疼痛，影響生活質量，需要手術拔除，恢復後疼痛會消失。