對於大多數類型的兒童牙齦炎，如萌出性牙齦炎、不潔性牙齦炎等，治療方法主要是通過潔治術徹底去除菌斑，消除局部刺激和菌斑滯留因素，無需使用抗生素，炎症一週左右便可消退，結締組織中的膠原纖維可以新生，牙齦可以完全恢復正常。對於炎症較重的患者，在潔治的基礎上，可以配合氯己定沖洗齦袋或含漱，有助於減少菌斑、消除炎症。需要使用抗生素的情況如下：

1、伴有牙齦膿腫、局部淋巴結腫大時，可以口服抗生素，如甲硝唑和替硝唑；

2、急性壞死性潰瘍性牙齦炎是由梭形桿菌和螺旋體引起的特殊感染，常導致遊離齦緣、齦乳頭急性壞死，疼痛明顯，有典型的腐敗性口臭，需要全身使用抗生素，如青黴素靜脈點滴或者肌肉注射，也可以應用甲硝唑或替硝唑，對厭氧菌療效迅速，有助於牙齦炎症的控制；而對於不伴有全身疾病的兒童牙齦炎不建議全身使用抗生素。