Ⅱ型呼吸衰竭又稱為高碳酸性呼吸衰竭，此類型呼吸衰竭在患者缺氧情況下同時合併二氧化碳瀦留。Ⅱ型呼吸衰竭患者主要原因是存在肺通氣功能障礙，包括阻塞性通氣功能障礙與限制性通氣功能障礙，如氣道腫物、慢性阻塞性肺疾病、支氣管哮喘、胸腔積液、氣胸等。

如果患者發生Ⅱ型呼吸衰竭，治療難度相對較大。如果由於急性病引起Ⅱ型呼吸衰竭通過積極治療原發病、使用呼吸興奮劑、進行氧療甚至無創及有創機械通氣，則可能會治癒。但如果由慢性病引起Ⅱ型呼吸衰竭，則較難徹底治癒。