指甲黑色素瘤首先可以通過手術的方式進行治療。當黑色素病變在5cm以內，並且腫瘤厚度和嵌入深度小於1cm時，可以進行手術切除。

其次，也可以通過放射治療，放射治療適用於有轉移灶的患者和早期雀斑型惡性黑色素瘤有效，可以緩解症狀，比如疼痛、壓迫等感覺。化學治療及化療對黑色素的療效並不理想，據有關資料顯示，治癒率不到10%，況且化療藥物有嚴重的毒副作用，使用後患者常有噁心、嘔吐、食慾不振等現象。

最後可以通過生物療法治療，生物治療對黑色素瘤有一定的作用，使用患者自身的單核細胞在體外增殖培養，然後將這些細胞返回患者體內，間接激活機體的免疫系統，從而抵抗腫瘤。