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羊水穿刺的準確率比較高約為99%。由於羊水穿刺是從羊水中分離胎兒的細胞進行培養，或進行芯片檢查，培養部分可分析胎兒核型，觀察數目有無異常、有無結構異常，而芯片可檢查出微缺失、微重複，所以羊水穿刺是目前公認準確率較高的一種方法。
唐氏篩查是通過檢查母體血液中某些成分濃度，判斷胎兒患21-三體綜合徵、18三體綜合徵、神經管發育異常的風險。羊水穿刺是直接抽取羊水之後，從羊水中的細胞結構，分析胎兒是否有染色基因異常的一種檢查手段。
不能做羊水穿刺的主要是有流產風險的人，比如正在保胎、有陰道出血、有宮縮，此類患者都不能做羊水穿刺。再有就是有比較嚴重的內外科合併症，比如有內科疾病、外科疾病等存在疾病狀態肯定不可以做穿刺。有血象問題的患者不能做羊水穿刺，血象高可能有感染的潛 在因素，或血小板低、有出血傾向，或有比較嚴重的糖尿病，血糖沒有控制好，都不能做羊水穿刺。如果最近感冒、發燒也不能做羊水穿刺，總之身體狀態不好的患者都不要做羊水穿刺。
進行羊水穿刺檢查後，具體需要休息多長時間因人而異。羊膜腔穿刺應用的穿刺針通常較細，穿刺後疼痛很快消失。多數患者留院觀察0.5-1小時，如果沒有明顯出血、腹痛或任何不適，可以回家休息。但回家休息仍然需要嚴密觀察，是否出現陰道流血、陰道流水、胎動異常等。沒有任何不適症狀的女性，在 羊水穿刺之後的第二天可以如期上班。如果工作比較勞累或穿刺後出現腹痛、出血、陰道流液等，需要考慮是否為先兆流產。
羊水穿刺與無創DNA(無創產前基因測序)相比，前者準確性更高且是目前診斷胎兒染色體異常疾病的金標準。目前還無其它檢查手段可以完全取代羊水穿刺。對於懷疑有胎兒染色體異常疾病的孕婦，仍建議進行羊水穿刺，確認胎兒是否有染色體異常。