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川崎病炎症反應恢復期需1年，部分嚴重的冠狀動脈病變患兒，可能需2-3年甚至更久的時間恢復。臨床症狀的恢復時間需2-4周，炎性指標變化的恢復時間在6-8周，根據川崎病病情輕重不同，孩子恢復時間也因人而異。部分孩子臨床表現隨著體溫消退，可能出現結膜充血消退，口唇皸裂逐漸恢復 ，手指硬腫逐漸恢復，皮疹消失，並逐漸出現某種脫皮。
通常沒有冠狀動脈病變的川崎病患兒，可以和正常的患兒一樣，進行劇烈運動，如正常的跑步、游泳等。但是如果川崎病患兒，伴有不同程度的冠狀動脈的病變，如冠狀動脈瘤，需要限制患兒的運動程度，不能夠進行劇烈的運動，包括中度、中重度的冠狀動脈 的擴張的川崎病患兒，也不能進行劇烈活動。
川崎病治癒後，多數情況下不會對孩子造成影響。川崎病是小血管或大血管出現炎症反應的疾病，在及時發現並進行對症治療後，98%左右的孩子預後良好，僅存在1%-2%的孩子可能會復發。只要經過正規治療，川崎病的孩子預後較好。
兒時患川崎病可以生育，川崎病是兒童時期比較常見的血管炎，易導致心血管受累，尤其是冠狀動脈。川崎病導致的冠狀動脈病變，已成為發達國家兒童獲得性心臟病的主要病因。但大部分患川崎病的兒童冠狀動脈沒有受累，經過積極治療可以恢復正常。這部分 兒童成年後，與正常人的生活狀態、身體素質相同，所以可以生育。