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腦炎主要臨床表現為發熱、頭痛、頭暈，部分患者會有噁心、嘔吐症狀。由於顱高壓增高會導致噁心、嘔吐症狀，所以低燒、嘔吐不一定是腦炎，但腦炎患者會有低燒、嘔吐症狀。低燒、嘔吐也可能是其它疾病導致，如胃腸消化道的炎症 也會出現低燒、嘔吐症狀，其它疾病可能也有類似症狀，所以主要根據兒童本身情況，結合其它臨床表現和輔助檢查判斷是否患有腦炎。
散發性腦炎伴發的精神障礙較嚴重，此類患者精神障礙不同於精神病。散發性腦炎首先為發燒，發燒或拉肚子一週後出現散發性腦炎。散發性腦炎的精神症狀可影響患者日常生活，症狀主要為意識模糊，生活尚能自理，但完成較差。症狀稍重患者生 活無法自理，甚至意識改變，出現不同於正常狀態行為等情況，重度腦炎可危及生命，具有一定死亡率。
急性播散性腦脊髓炎治療主要包括早期使用足量皮質激素，以減輕腦和脊髓的充血和水腫，保護血-腦屏障。部分患者在使用皮質激素治療後，症狀緩解，停藥以後並且有反覆，再次恢復用藥後又獲得改善。對皮質激素治療無效患者，可考慮應用免疫球蛋白或血漿置換。容易復發患者可給予免疫抑制劑治療，比如環磷酰胺等。
自身免疫性腦炎根據疾病輕重程度不同，患者死亡率各異，如NMDA腦炎死亡率和致殘率較高，如未盡早識別、診斷，未給予相應免疫治療患者預後相對較差，據估測死亡率大概在10%-20%，具體死亡率與醫院救治條件、診療手段、診療水平有關。
目前自身免疫性腦炎中最常見抗NMDA受體腦炎，這種免疫性腦炎臨床發病率最高，臨床較為常見，研究統計複發率可能達到12%-31%，平均復發週期為五個月左右。復發後免疫性腦炎症狀通常較前一次輕，但其它類型的自身免疫性腦炎的復發幾率目前無確切數據統計。