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自身免疫性腦炎是出現了抗神經細胞表面的抗體，以及抗突觸蛋白的抗體而引起的腦炎。自身免疫性腦炎在婦女和兒童當中最常見，可以表現為邊緣葉腦炎。邊緣葉主要包括海馬、杏仁核、扣帶回，這些腦葉出現問題後最常見的表現就是精神症狀，如精神異常、癲癇、記憶力減退、性格改變等。進行腰穿檢查時，如果檢出NMDA抗體則比較支持是邊緣葉腦炎。
總體來說，如果是青年自身免疫性腦炎患者伴有良性腫瘤，而且早期發現，其治癒率會比較高。自身免疫性腦炎的治癒情況與年齡層以及病因相關，如果青年女性的盆腔核磁共振或者超聲發現有卵巢畸胎瘤，畸胎瘤一般是良性腫瘤。這種情況首先可以進行腫瘤的切除以減少抗原的產生，其次可以應用免疫抑制性的藥物，比如靜點人免疫球蛋白進行抗體的中和和受體的封閉之後，這類患者的預後比較好。
腦炎相對比較重，一旦出現昏迷，說明病情非常重。因為針對昏迷病人，要保證不要缺氧，因為昏迷病人自主咳嗽、咳痰能力比較差，同時容易出現反流。要早期給予氣管插管，之後給予呼吸機輔助呼吸，保證不缺氧，同時防止胃內反 流引起的吸入性肺炎。
小腦炎的診斷事實上在臨床醫學中並不是規範診斷。小腦炎診斷和治療應該在顱內感染的框架之內，如果影像學檢查等提示明確感染部位在小腦、腦膜以及實質，可將其稱為小腦炎。在此基礎上可以進一步地進行病因學確定，最基本的是做腰穿腦脊液的病原學檢查，同時做自身免疫抗體檢查，針對病因給予相應治療。在對因治療的基礎上，患者也存在明顯的頭暈、噁心、嘔吐、行走不能等表現，所以也可給予對症治療，比如苯海拉明等止吐、止暈治療。需要強調的是如果病變處在小腦部位，就要注意在後顱窩的病變，再加上腦膜腦脊液的分泌增多、腦脊液壓力增高、腦實質腫脹等原因會引起顱內壓升高，尤其腦疝形成的風險會較其它部位升高。因此，可根據顱內壓力等情況給予降顱壓治療，避免出現呼吸、心跳驟停、腦疝等嚴重情況。
顱腦手術後顱內感染的發生率在3％左右，大多數顱內感染是由於患者體表的毛囊、皮膚上的常駐細菌所致，也就是屬於常見致病菌。出現這種顱內感染並不需要過於緊張，採用常規能進入顱內的抗生素，經過正規療程的治療往往能夠控制。
臨床上診斷患者為輕度腦炎，很多患者會非常緊張、害怕，而輕度病毒感染造成輕度腦炎可能會像感冒一樣很快恢復。輕意味著可能沒有明顯高顱壓，另外做腦脊液檢查也沒有明顯異常情況，這種情況如果病人在家裡能良好用藥，並且依從性很好，是完全可以不住院的，可以節約醫療資源同時照顧患者、患者飲食起居也方便。所以對非常輕的腦炎，如果醫生診斷可以不住院，患者聽取醫生建議是沒有錯的，完全可以在家裡治療，不需要住院進行治療。不要對輕度腦炎有過多顧慮，輕度腦炎一定不會留後遺症。