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肝外膽管結石包括原發性肝外膽管結石、繼發性肝外膽管結石。繼發性肝外膽管結石，通常由於膽囊結石經由膽囊管掉入到膽總管而形成。原發性肝外膽管結石是由於膽道炎症、膽道內異物、膽道先天性發育異常、膽汁成分發生改變，使結石在膽道內自然形成。無論是何 種肝外膽管結石，都有可能會引起膽道梗阻，繼而出現梗阻性黃疸，表現為寒戰、高熱、嚴重腹痛、感染中毒性休克的急性化膿性膽管炎。因此，肝外膽管結石確診後建議儘早治療，治療方法包括外科手術、內鏡等，具體如下：
肝外膽管結石的治療大概分成保守治療和外科治療，通常治療肝外膽管結石以手術治療為主。病人的炎症比較厲害的時候，要先控制炎症，進行保守治療為下一步的手術治療做準備。對於肝外膽管結石的治療，儘量把結石取淨，解除膽道的梗阻。有些伴有膽管狹窄的肝外膽管結石，還要注意切開狹窄的膽管整形，術後要保持膽汁的引流通暢。近年來對於單純性的膽管結石，不伴有膽管狹窄或者是明顯的膽管壁增厚，可經過十二指腸內鏡取石，是微創的手術，也獲得了比較良好的治療效果。但一定要注意嚴格掌握治療的指徵，尤其是在ERCP或者胃十二指腸鏡取石後，同時進行Oddi括約肌的切開，一定要慎重。因為Oddi括約肌切開後，部分患者會出現比較嚴重的腸源性逆行性的膽道感染，因此手術要把握好指徵。
肝外膽管結石應該與肝內血管鈣化灶、膽管內氣體積氣以及肝內海綿狀血管瘤相鑑別，急性化膿性膽管炎反覆發作導致肝組織纖維化，肝核素掃描可以出現放射性缺損區，需要與腫瘤引起的佔位性放射性缺損相鑑別。存在黃疸、急性膽管炎表現，應該與病毒性肝炎與膽道腫瘤鑑別，鑑別方法如下：
肝外膽管結石應用藥物無法排出，最好的方式是手術治療。膽總管堵塞會併發感染，出現高熱、疼痛以及黃疸等症狀。膽管內結石無法順利排入腸道，繼續阻塞膽管將會導致膽管炎性感染，同時膽管內壓力非常高，膽道內細菌會逆行擴散，甚至致病菌和毒素通過肝竇到達肝靜脈中，逆行進入循環，容易引起全身中毒症狀，如寒戰、高熱。膽道被結石完全堵塞，可以引起急性化膿性膽管炎，這是一種非常危險的疾病，如果治療不及時短期內會導致死亡。
肝外膽管結石一般都是繼發性結石，是繼發於膽囊的結石。因膽囊結石通過膽囊管排入膽總管，可形成結石結晶，再加上膽道運動功能比較差，這時膽管結石可逐漸長大，形成肝外膽管結石。所以肝外膽管結石的症狀，是肝外膽管結石的病人往往合併有膽囊 結石，症狀跟膽囊結石差不多，也是上腹部疼痛向腰背部放射。肝外膽管結石最容易出現的另外兩個狀況是黃疸和高熱，如果不及時就醫，很快就會引起休克，甚至造成生命危險。所以肝外膽管結石一經確診，必須手術治療或者內鏡治療，及早進行干預。
肝外膽管結石的最佳治療方案，是根據肝外膽管結石的大小和硬度決定手術方式。如果肝外膽管結石直徑在10mm以內，主張做內鏡治療，即通過十二指腸鏡經口腔進入十二指腸，在十二指腸內把膽總管的結石取出，又叫EST，這種手術方式沒有切口，不需要開腹做大手術，是一種比較先進的治療方式。但該手術存在侷限，即對於過大的結石不太適合。其次，如果肝外膽管結石＞1cm，此時主要採取的手術方式是腹腔鏡膽管切開取石，如果結石取得乾淨，再進行一期縫合，病人在7天后可以回家。
肝外膽管結石的手術，一般在確診後，就要通過各種手術方法，保證結石的取出。即其手術條件放得很寬，一旦確診，只要心肺功能能夠耐受全身麻醉，都主張立即手術治療。而對於年老體衰的病人，一般不做開放手術及腹腔鏡手術。主要是通過在口腔處放置一個內 支架，保證膽道的引流通暢，過一段時間後，再通過十二指腸鏡從口腔把結石粉碎取出。
肝外膽管結石術後最常見的併發症是結石殘留，一旦發生結石殘留，如果有T管竇道，可以於手術後8周通過T管把結石取出。但如果手術後沒有T管竇道，可以通過十二指腸鏡從口腔將結石取出。所以肝外膽管結石一旦出現併發症，找有資質的醫院可以很好地解決。第二個併發症是腹腔膿腫，現在科技比較發達，可以通過CT或者B超定位，從腹腔外經皮穿刺，把膿腫引流，從而達到治癒。