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新生兒外部腦積水多為繼發性改變，常繼發於腦出血、缺血缺氧性腦病、腦萎縮之後，此類患者的外部腦積水不能夠自愈，一般需要採取一系列分流手段或外引流手段，以改善外部腦積水。
開顱手術之後，患者如果出現腦積水，較大程度上難以自行恢復。比如腦室腹腔分流手術，患者通常在幾天、一週時間，積水能得到明顯改善與恢復，症狀也逐漸改善。大部分腦積水出現與腦脊液循環通過梗阻有關，部分患者由於手術後血液成分、 腦脊液蛋白增高，使腦脊液回吸收途徑發生阻塞，特別是蛛網膜粒、蛛網膜絨毛部位，這時逐漸形成腦積水，其恢復情況主要取決於後續治療時期。
腦積水患者一定要早期治療，在大腦功能沒有嚴重受損情況下進行早期干預，可通過腦室腹腔分流、三腦室造瘻等方式緩解病情，促進腦發育、改善腦功能。若及時改善大腦功能，患者大腦發育與正常人發育持平，可以正常生活。若腦積水乾預治 療不及時，造成腦室嚴重擴張，腦組織已經變薄，則患者大腦功能嚴重受損。患者即便進行腦積水治療，也無法保證大腦功能恢復正常。
從專業小兒神經外科角度而言，腦積水患兒想做引流手術，手術指徵把握非常嚴格。臨床要求腦脊液內沒有炎症感染，即腦脊液白細胞＜3個，腦脊液清亮、無色透明且糖含量正常，同時患兒無發熱、生命體徵穩定、身體皮膚及營養狀態良好，則腦積水手術 成功率相對較高，術後對於患兒腦功能恢復幾率較大。
新生兒腦積水由於前囟張力較大，囟門沒有完全閉合，可通過超聲進行早期診斷，且超聲有無創特點。對於腦積水幅度與腦積水腦室擴張程度而言，新生兒B超可進行輔助性診斷。從臨床治療角度而言，需要後期通過CT或核磁進 行定性、定量評估。因CT、核磁中會對腦室擴張程度進行更精準判斷，包括腦室周圍戴帽徵進行客觀評價，有利於患兒後期進行綜合性治療。
腦積水患者如果已經出現昏迷，沒有妥善處理時可能會在幾小時到幾天內危及生命，尤其是急性梗阻性腦積水，由於缺乏代償時間和空間，疾病進展會較快。如後顱窩腫瘤可引起第四腦室梗阻，從而引起梗阻性腦積水或腦出血破入腦室系統，使腦室系統發生梗阻，患者顱 內壓增高會在短時間內迅速加重，且由於腦脊液循環發生梗阻，腦脊液都集中在幕上腦室內，會使顱內壓增高進一步加劇，部分患者會在腦積水發生幾小時內危及生命。
外部性腦積水吸收時間，與大腦發育生到正常時間有關，而大腦發育正常與營養有關，患者可採用靜脈營養、高壓氧促進大腦發育，也可通過康復鍛鍊反饋性促進大腦發育。此外，大腦發育不是單一元素促進，需綜合各個營養成分，均衡後方可促 進大腦綜合發育。此時可能需0.5-1年，患兒可逐漸恢復。
輕度腦積水是腦脊液循環吸收過程中出現障礙，進而引起的臨床症狀與體徵。若腦積水分泌與機體吸收程度僅有輕微失衡，如由於腦炎或腦出血後造成腦脊液循環通路阻塞，腦脊液吸收功能障礙，則患兒腦積水症狀有機會隨腦炎或者出血吸收，症狀得以改善，吸收 功能可逐漸恢復而好轉。
新生兒腦積水從治療角度而言有治癒可能性，對於嚴重腦積水已造成腦脊液循環通路梗阻時，則需區別對待，包括吸收性腦積水、腦炎後期的整個蛛網膜下腔。蛛網膜顆粒吸收嚴重受阻，腦室進行性增加，腦室周圍水腫戴帽徵較為明顯，且落日徵嚴重患 者，臨床可判斷出腦脊液循環吸收無法達到自我平衡，此時需積極外科干預。