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臨床上判斷腦死亡的先決條件應該是自主呼吸消失，自主呼吸消失不單是通過肉眼觀察沒有胸廓和腹部呼吸等動作，要有呼吸激發試驗，是非常重要的。腦死亡包括腦幹在內的全腦功能喪失的一種不可逆的過程，腦死亡有別於植物狀態。植物狀態是腦幹的功能存在，昏迷只是由於大腦皮層的功能受到突然的損害或者全面抑制的一種狀態，患者可以有自主呼吸，心跳和腦幹反射都可以存在。而腦死亡一定沒有自主呼吸，而且是不可逆的。所有可能引起全腦缺血、缺氧的改變都可能會引起腦死亡，比如常見的腦出血、重度顱腦損傷、大面積的腦梗死等。
大腦缺氧4-6分鐘之後，腦細胞開始受到不可逆的損傷，功能受到影響，引起全腦功能損傷，這個過程幾乎是不可逆的，也可以稱為瀰漫性損害。而任何藥物對腦細胞凋亡的影響恢復都是作用甚微的，只有及時糾正缺血、缺氧才能夠糾正根本的腦死亡狀態。腦缺血、缺氧以及昏迷、腦幹反射消失、自主呼吸消失，都是腦死亡的表現。如果無法得到有效的解救，腦細胞缺氧4-6分鐘之後即可開始出現凋亡，繼續發展就會出現腦死亡。
腦死亡是一種全面的腦細胞廣泛壞死，包括皮層、腦幹組織的廣泛細胞壞死，只要可以引起較長時間的腦幹細胞和腦皮層細胞的壞死均可以引起腦死亡。腦死亡和植物狀態並不相同，植物狀態大多腦幹功能是保存的，只是皮層功能受到了廣泛的損傷，病人大多數可以保存一定的腦幹反射、有自主呼吸，而高級智能是受到影響的。腦死亡的情況下，腦幹反射、深昏迷和自主呼吸三者均不存在。
重型顱腦損傷患者多半是出現了一些顱內血腫，原發性腦幹損傷之後立即出現一些意識障礙、呼吸不暢。所以首要的是保持呼吸道通暢，甚至在醫院可以做氣管插管、氣管切開。其次要解決顱高壓症狀，顱高壓症狀多半是因為血腫的壓迫，骨折、骨折片的壓迫，需要解除腦 受壓、顱高壓的症狀，多考慮一些手術治療和非手術治療。壓迫比較輕的可以進行保守治療，但是顱高壓症狀比較明顯的需要氣管切開、考慮手術治療，即將血腫清除，緩解硬膜外、硬膜下和顱內血腫和凹陷骨折等腦受壓症狀。除此之外要處理一些繼發性的腦損害。繼發性腦損害也是比較嚴重的，即近期內出現的一些水腫、遲發血腫，需進一步行保守治療和手術治療。因此在重型顱腦損傷處理過程中，除了解決一些首要的腦受壓、顱高壓等直接損傷的症狀外，處理好繼發性的腦損傷也是重中之重。
垂體瘤是最常見的一種顱內的良性腫瘤，生長速度比較緩慢，復發一般多在術後數年以後，復發的臨床表現和以前的垂體瘤症狀表現一般相同。復發後的治療需對患者的臨床症狀、影像學特點進行綜合評估後製定。垂體瘤復發的早期如果瘤體比較小，沒有明顯的症狀，可以考慮進行放射治療；如果瘤體較大，有明確的臨床症狀，通常考慮再次手術治療為主，手術治療後接受放射治療。垂體瘤復發主要與術中腫瘤切除不徹底、腫瘤呈侵襲性增長、腫瘤為多發性及垂體細胞增殖有關係。為了早期發現是否存在復發，手術後需進行定期規範化的隨訪，做到早期發現，及時治療，才能使患者得到有效的治療。
丘腦膠質瘤是一種具有獨特解剖結構和臨床過程的疾病，多呈膨脹性的增長，周邊為腦實質的核團，腫瘤界限相對清晰，其位於腦中線的深部，好發於丘腦的前上部，主要是丘腦前核團、腹側核團和中央核團和後結節，毗鄰內囊、下丘腦、第三腦室等重要結構。腫瘤可沿傳導束、室管膜下走行或在腦室內播散，手術難度大，手術病死及病殘率較高。術後最常見的併發症包括腦積水、顱內感染、腦室內出血、偏癱、偏身感覺障礙、視野缺損、失語、昏迷等。術者如果掌握著熟練的解剖知識，熟練的顯微外科技術，正確的手術入路，對患者減少以後的併發症是非常有利的。
現在治療三叉神經痛多采用微血管減壓術，可以達到一次性根治的目的。有研究顯示，典型的三叉神經痛患者術後1-6個月完全緩解率可以達到97.8%，長期完全緩解率可以達到99.3%，至此術後10-27個月，並指出病程短、症狀典型、主動脈壓迫減壓充分的患者緩解率高，即便存在延遲治癒的情況，也不需要繼續口服藥物來緩解症狀。只有少數患者由於神經損傷較重，需要一段時間的神經功能恢復，在恢復期症狀可以逐漸的緩解。三叉神經痛如果術後效果不好，可以繼續口服藥物來控制症狀，另外也可通過射頻治療、微球囊減壓術等手段來進行進一步的治療。
三叉神經痛的治癒率多超過90%，但仍有5%-10%的患者可能出現術後復發或效果不理想的情況，如果出現三叉神經痛復發，要積極進行治療。1、首先可以選擇口服卡馬西平進行藥物治療，卡馬西平可以使三叉神經的敏感性下降，部分能夠通過藥物治療控制而不再復 發，也有一些能夠通過藥物治癒；2、而如果藥物治療無效，可以選擇通過射頻熱凝方法，適用於不願意或不接受二次手術的患者，治療時間較短，創傷較小，可有效緩解疼痛；3、如術後1-2年，3-5年出現的復發，且無心臟、肺部明顯疾病患者，建議考慮二次手術。
一般來講，三叉神經痛的病程比較長，與血管和神經的關係，壓迫程度較重，神經周圍的粘連也比較重，手術難度比較大，手術後神經功能，特別是聽神經、三叉神經、面神經、後組顱神經受到的影響，概率就明顯增加。三叉神經痛手術後出現耳鳴，可能是因為聽神經與神經根相距比較近，術中有可能是牽拉聽神經上的小血管引起耳鳴。術後耳鳴很大程度上可以恢復，極少數有長期症狀。因此，需要做好患者的心理疏導，緩解心理的恐慌，必要時口服藥物治療。藥物主要以活血、促進神經功能的藥物為主，同時改善受損的神經功能症狀。臨床上只要加強手術中的顯微操作的技巧，減少對術中神經和血管的牽拉，術後的耳鳴症狀會改善或者減少。
癲癇外科治療適應症如下：1、確定癲癇診斷後系統應用抗癲癇藥物，並在血液濃度監測下治療2年，仍不能控制症狀者；2、系統完整用藥後每月發作仍達2-3次以上者；3、癲癇發作嚴重影響患者的生活質量，主要是不能正常的工作生活，嚴重的脫離了社會，生活質量下降；4、患者的身體精神狀態能 配合完成術前評價和術後康復；5、致癲灶定位比較明確，且不在腦的重要功能區，手術不會給患者帶來明顯殘疾；6、患者病灶腦電圖顯示在大腦的重要功能區，有明顯的致癲異常灶。手術主要採取軟膜下橫切或者大腦聯合體來切開手術，達到治療的目的。