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進行肛瘻切開掛線術以後，在換藥時對局部的掛線進行緊線，引起疼痛時可以選擇局部塗抹止疼藥物，或者口服止疼藥物緩解。可以選擇在局部緊線處塗抹鹽酸奧布卡因凝膠進行止痛治療，也可以讓患者口服氯芬待因片，或者其他同等種類的止疼藥物，緩解緊線時引起的局部括約肌疼痛。
肛瘻手術之後，在患者肛門周圍會有傷口，不管是行肛瘻切除、肛瘻切開或者肛瘻掛線手術，在肛門周圍都會有傷口，所以在排便的時候有可能導致傷口內部有糞便。在排便結束以後，最好使用溫水或者用高錳酸鉀溶液將肛門周圍，以及傷口內部清洗乾淨。建議用一片高錳酸鉀藥物放入到5000ml的溫水中，是淡紅色的溶液，然後整個肛門進行坐浴。
肛瘻術後最常見的併發症，是肛門功能失調。肛門功能失調，包括肛門狹窄和肛門失禁。肛門失禁往往都是由於肛瘻手術過程中，破壞內、外括約肌過多造成的。肛門失禁大概分為兩種類型：一種是暫時的；一種是永久的。
肛瘻屬於肛周的感染性疾病，需要選擇手術治療。單純的表淺性肛瘻，可以選擇瘻管切開、切除以及縫合。高位複雜性的肛瘻需要進行切開以及掛線療法，手術以後也可以表現為肛周潮溼、有分泌物，以及肛門有液體流出，可能是經內口流出，需要進一步探查。
拉肚子對肛瘻有一定的影響，因為患者腹瀉時的大便為稀水樣，容易從肛瘻內口進入瘻管，而引發瘻管內出現感染，導致肛瘻急性發作或者出現局部腫痛、流膿的症狀。如果肛瘻外口已經閉合，會出現類似於肛周膿腫的症狀。