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原發性肝癌轉移部位較多，包括肝內播散、肺、骨骼、腦轉移以及其它部位臟器轉移。所有的腫瘤均可轉移到這些部位，只有肝臟轉移的患者預後較佳。肝臟轉移患者可通過肝移植術得到根治性治療，如果不能行肝移植，可選擇介入栓塞治療、肝動脈化療、射頻消融或結合放療，也可使部分患者得到治癒機會，大部分患者可延長生命。
原發性肝癌與繼發性肝癌均較難治療，不能通過瘤種判斷治療難度，還與腫瘤分期有關。原發性肝癌指原發於肝臟的惡性腫瘤，繼發性肝癌指原發於其它部位轉移到肝臟的惡性腫瘤，通常有胃癌、腸癌、胰腺癌。原發性肝癌惡性程度較高，且常合併乙肝、肝硬化等基礎疾病，治療較困難，預後較差。
小肝癌為原發性肝癌的一種，通常為早期肝癌。小肝癌通常指單個肝臟腫瘤結節直徑小於3cm，或有兩個腫瘤結節，但最大直徑之和小於3cm。小肝癌通常早期無典型臨床表現，多數為體檢發現。
原發性肝癌晚期可以進行治療，原發性肝癌晚期指初診時無法手術切除根治的肝癌。由於肝癌早期常無明顯臨床表現，超過半數患者確診時已處於晚期，此類患者預後較差，5年生存率低。
目前對於肝膽管細胞癌沒有最佳化療方案，分子靶向藥物尚未批准用於治療肝膽管細胞癌。但已有多項臨床研究證明，VEGF抑制劑在肝膽管細胞癌中的治療效果，如侖伐替尼抑制VEGFR、EGFR兩條通路，和免疫檢查點抑制劑聯合治療有望改善肝膽管細胞癌的預 後。
肝內膽管癌的惡性程度非常高，容易發生復發和轉移。但肝內膽管癌術後復發時間不能一概而論，要根據腫瘤分期，包括早期、進展期、晚期，以及病理類型、患者身體狀況綜合判定。但綜合判定後的復發時間只是經驗估計，無非常準確的規律。