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肝內膽管結石引起的疼痛主要在肝區附近，通常較小的肝內膽管結石，並不會引起明顯疼痛。只有當結石較大，阻塞膽管後，由於膽管劇烈收縮，可能會引起膽道痙攣性疼痛，通常位於上腹正中，或者上腹偏右的位置。如果疼痛比較嚴重，可以 向右肩背部放射。除疼痛外，患者可能還會存在皮膚鞏膜黃染、發熱等全身多個器官、系統的表現。
如果肝內膽管結石比較嚴重，主要表現為結石阻塞膽管，造成肝功能異常，或者誘發急性膽管炎，甚至肝萎縮和肝內膽管癌。肝內膽管結石由於長期存在於膽管內，可以導致膽管阻塞，患者會出現明顯的肝功能異常，其典型症狀表現為皮膚鞏膜黃染、小 便顏色加深、皮膚瘙癢等。在膽道梗阻的基礎上，可能還會有細菌感染，患者會出現寒戰、高熱等急性膽管炎的表現。
肝內和肝外膽管結石均為常見外科疾病，相對於肝外膽管結石，肝內膽管結石較為複雜，處理較為棘手，病情更嚴重。肝內膽管結石可引起膽道梗阻，感染以及肝細胞破壞，甚至引起肝萎縮。目前手術治療主要是肝部分切除術、肝內膽管切開取石術、肝門部膽管狹窄修復重建術、肝移植術等。肝外膽管結石包括膽總管結石，由於膽總管較粗，直徑可達到6mm，臨床上多采用ERCP取石或開腹或腹腔鏡取石術，處理較容易。
肝內膽管結石的藥物治療，目前主要是針對肝內膽管結石，引起膽道感染時候的退熱、對症消炎、解痙止痛的處理，目前尚沒有確切的藥物，能夠針對肝內膽管結石進行消除治療，肝內膽管結石目前最主要的治療方法是依靠手術治療。
臨床上應該是指肝內膽管結石和肝外膽管結石的區別，肝內膽管結石是指左右肝管匯合部以上的膽管發生結石，而肝外膽管結石是指左右肝管匯合部以下的膽管發生結石，包括肝總管和膽總管。對於肝內膽管結石來說，大部分沒有症狀，少部分患者可能具有膽管炎症狀，比如腹痛、發燒，還有膽汁淤積引起的膽道梗阻、黃疸症狀。
肝內膽管結石手術隨著現在科學發展，如果在左右肝管的結石，可以考慮在內鏡下做ERCP取石，如果效果不佳時需要手術治療。肝內膽管結石的手術多是還是傳統手術，還有一些特殊部位也可以採用微創手術。