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B超是診斷膽管結石的首選方法，通過B超可以明確膽管結石大小、部位，位於肝內膽管還是肝外膽管，同時CT檢測可清楚顯示肝內膽管結石、肝門結石與其周邊結構的關係、膽管擴張程度，肝臟是否增大，肝臟是否萎縮。系統觀察CT，可瞭解結石在肝內膽管中的分佈情況。
相對於肝外膽管結石或膽囊結石，肝內膽管結石的治療較為複雜。肝內膽管結石稱為肝膽管結石，我國較多見，屬於較難治的膽道疾病。無症狀膽管結石無需治療，定期觀察隨訪。若患者的臨床症狀反覆出現，應進行手術治療，手術原則為儘可能取 淨結石，解除膽道狹窄或膽囊梗阻。此外還需去除結石部位和肝臟病灶，恢復並建立膽汁引流通道，防止結石復發。手術治療措施包括經膽道鏡下進行肝內膽道取石，激光和超聲碎石等。大多數肝內膽管結石患者，經過積極治療後可治癒。