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因為潰瘍性結腸炎是自身免疫性疾病，病因還沒有完全明確，所以現在全世界都是有一套公認的治療方法，但是公認的是隻能控制、長期維持緩解，目前還達不到治癒的目的。有些人經過正規的治療，而且在生活上特別注意去除誘發因素，可以維持長期緩解，甚至十年、十幾年不復發，但仍然不能說已經治癒。如果不注意或者是停藥，有時還會出現症狀的復發，目前沒有治癒這一說。
潰瘍性結腸炎灌腸治療本身是治療潰瘍性結腸炎的一個很有效的辦法，但是並不是所有的患者都適合，因為灌腸只能解決直腸和乙狀結腸這個地方的病變，如果這個人的病變在橫結腸、升結腸、或者全結腸，灌腸的藥物也達不到局部，就起不到有效的治療。如果患者只是直腸和乙狀結腸病變，灌腸可以起到這種局部作用，藥物的濃度高，有些藥物不會吸收入血，不會帶來藥物的副作用。對於這種患者來說，這是非常好的辦法，但總的來說還是要看病變的範圍。
潰瘍性結腸炎患者用激素治療是非常常見有效的辦法，但並非所有的患者都會應用。短期內應用激素，副作用相對來說可控，如果長期應用一定要在有經驗醫生指導下應用，不要盲目濫用。激素不只對潰瘍性結腸炎患者有副作用，對所有人都有副作用。其帶來的副作用如下：
潰瘍性結腸炎基於臨床的角度一般可以簡單分為兩型，第一型是初治型或者初發型的潰瘍性結腸炎，即患者以前從來沒有診斷過患有該病，更多時候臨床上要警惕，判斷患者是否確實患有潰瘍性結腸炎，對於此類型的患者，明確診斷最為重要；
潰瘍性結腸炎，又稱慢性非特異性潰瘍性結腸炎，是一種原因不明的直腸和結腸慢性炎性疾病，以20-50歲多見，男女發病率無明顯差別。潰瘍性結腸炎患者可出現腹痛、腹瀉、裡急後重等消化系統症狀，部分患者亦可出現噁心、腹脹、嘔吐等不適，中度患者活動期可以出現低至中度發熱，有 嚴重感染或病情進展時可以出現高熱、消瘦、貧血等症狀。臨床多通過體格檢查、實驗室檢查、結腸鏡檢查以及鋇劑灌腸X線檢查進行確診。對於潰瘍性結腸炎的治療，可使用糖皮質激素、5-氨基水楊酸等抗炎治療，同時給予支持性的對症治療，若保守治療無效，應進行手術。日常生活中，潰瘍性結腸炎患者應注意飲食規律、衛生，充分休息並調節情緒，定時規律複診，進行適當體育鍛煉以增強體質，有利於疾病的治療和預防。