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反流性食管炎是一種炎症，但和細菌感染引起的炎症不同，所以患者所服消炎藥不是抗菌素。當有反流性食管炎時，主要針對炎症的藥物是抑酸劑，臨床上使用最多的是PPI類藥物，包括艾司奧美拉唑、奧美拉唑、泮托拉唑、雷貝拉唑等。目前接近90%的患者通過使用抑酸藥 可有效控制症狀，使潰爛黏膜得到癒合。
麥滋林(L谷氨醯胺呱侖酸鈉顆粒)治療反流性食管炎的效果不佳，臨床上不推薦使用。麥滋林對胃炎有幫助，能保護胃黏膜，但對反流性食管炎黏膜的保護能力較差。反流食管炎的黏膜保護劑種類較多，臨床上常用鋁碳酸鎂、鋁鎂加混懸液、硫糖鋁，都屬於黏膜保護劑 ，對食管黏膜的保護效果較好。
當病人存在反流性食管炎，伴有咽喉異物感時，提示病人可能出現反流性咽喉炎，需要給予抑酸藥物進行治療，如雷貝拉唑、奧美拉唑，同時還要給予治療咽喉炎的中成藥，比如甘桔冰梅片等，同時可以加用含片、漱口水。一般經過8周左右的治療，咽喉異物感、阻塞感、燒灼感、瘙癢、咳嗽以及聲音嘶啞等一系列反流性咽喉炎的症狀可以逐步緩解。
反流性食管炎患者感覺喉嚨發堵嚴重時需到醫院就診，通過電子喉鏡檢查明確患者是否同時患有反流性咽喉炎，在電子喉鏡下可觀察到患者咽喉雙側劈裂，黏膜出現蒼白、水腫跡象，部分患者聲帶後端可能還會存在肉芽腫等表現。若經明確診斷患者屬於反流性 咽喉炎，通常需要給予雷貝拉唑或奧美拉唑類抑酸藥物進行治療，同時還應予以相應治療咽喉炎的中成藥。經至少8周時間治療後，患者上述症狀逐漸緩解。
奧美拉唑可以治療反流性食管炎，反流性食管炎的發病機制是胃與十二指腸內容物反流到食管，從而引起不適感，通常由於食管廓清運動、胃排空異常以及食管下括約肌功能異常等原因所致。奧美拉唑為質子泵抑制劑，屬於抑酸藥，能有效 抑制胃酸分泌，從而減少胃酸對食管的刺激，起到治療效果。
反流性食管炎的藥物治療，推薦進行8周治療，但是並不是所有反流性食管炎都需8周治療，需根據病人症狀、病變嚴重程度還有既往用藥的治療效果等判斷。如果病人進行8周的藥物治療，效果不好或反覆發作，可能需要延長藥物治療時間。部分病人可能存在反覆發作的情況，需要調整用藥劑量。如一天1次的藥物，在症狀加重的時候，可增加到一天2次，會能夠更好的控制症狀。
反流性食管炎的症狀分為食管和食管外症狀。食管外症狀為咳嗽或咳痰等，但咳嗽可能與普通上呼吸道感染或肺部感染不同，該類咳嗽更容易夜間出現，夜間可能酸反流會更加顯著，以刺激性咳嗽為主，如酸反流往上刺激咽喉部或反射性刺激性咳嗽。但症狀輕微患者，可能沒有明顯咳痰。有少部分反流性食管炎也可引起肺部感染，此時可能會出現咳嗽、咳痰甚至咳膿痰的情況。需要完善胸部CT或是胸部X線的檢查，判斷是否合併感染。
反流性食管炎根據內鏡下分級分為A、B、C、D級，A級最為輕微，所以反流性食管炎A級不嚴重，但是不嚴重不代表不需要重視。一旦確認反流性食管炎，患者需要做生活方式的改變，改變飲食習慣，結合藥物進行綜合治療。常見治療如下：
反流性食管炎患者可以吃雞蛋，雞蛋與反流性食管炎不存在因果關係，不是可以誘發反流性食管炎的食物。反流性食管炎的發病機制主要是食管下段括約肌鬆弛，如果患者存在肥胖、動力障礙等表現，可能會引起食管下段括約肌鬆弛，胃酸是pH值1.5-3.5的液體，可以從胃腔內倒灌入食管下段，出現胃管食管下段灼傷，形成糜爛，如果較為嚴重，甚至可以形成潰瘍。
反流性食管炎可引起喉嚨痛，部分反流性食管炎患者，除食管症狀，比如反酸、燒心、上腹部燒灼感、胸骨後疼痛感外可出現食管外表現。食管外表現包括咽喉部不適感、呼吸道表現，咽喉部不適感常表現為咽喉部疼痛、異物感。呼吸道表現通常為咳嗽、咳痰，呈乾咳，夜間出現，由於夜間處於平臥位，抗反流機制下降所致。
反流性食管炎一般根據病人情況進行個性化選藥，採取分階段治療，對於症狀較重或者食管病變較重的病人，一般採取降級治療，即先使用抑酸作用較強的藥物控制症狀，再使用抑酸作用相對較弱的藥物維持治療。抑酸作用較強的藥物主要包 括艾司奧美拉唑、伏諾拉生等，相對較弱的藥物主要包括雷貝拉唑、蘭索拉唑、泮托拉唑、奧美拉唑等。
反流性食管炎一般可以根據臨床表現做出臨床診斷，如存在反酸、燒心、胸骨後不適感，如胸骨後梗阻感或進食後胸骨後疼痛不適，以及咽喉部不適感、異物感等。另外，還存在食管外表現，如咳嗽、咳痰、喘息等，需要進行胃鏡檢查，判斷是否存在食管損傷。
反流性食管炎夜間會加重。部分反流性食管炎患者可出現明顯夜間酸反流，甚至反流較為明顯時，會被酸水嗆醒。反流性食管炎患者，若夜間酸反流症狀較為明顯，建議調整飲食及生活方式，保持晚餐距離睡覺時間間隔3-4小時，以減少夜間酸反流現象。睡覺時床頭 可以適當抬高或高枕臥位，將枕頭稍微抬高，可減少夜間酸反流發生。