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男性無精子症要根據病因進行針對性的治療，梗阻性無精子症有兩種治療方法，一種為通過手術使輸精管道重新建立，保持通暢，讓患者後期有精子。另一種為通過附睪或睪丸穿刺來獲得精子，然後做二代試管嬰兒使患者生育後代。
無精症手術包括睪丸活檢和睪丸顯微取精，睪丸活檢可直接在門診進行，手術較簡單，一般10-20分鐘即可完成，患者無需住院。睪丸顯微取精手術，患者需全麻，進行術前準備，一般需住院3-4天左右。雖然睪丸顯微取精手術較小，但屬於正規手術，所以必須住院治療。術後會 根據患者病情進行監護，使患者達到康復出院目的。
精液如水一般可能為精子密度較低，所以做精液檢查時會出現此類情況。部分無精子症患者，也會存在精液如水的情況。通常患者肉眼觀察精液的顏色以及稀稠狀態，並非準確結果，建議患者進行規範的精液檢測。
臨床上對於非梗阻性無精子症患者，醫生會建議其進行睪丸活檢。通過睪丸活檢可發現患者病理改變。但需注意睪丸活檢只是取樣，無法完全代表生精狀況，因此即便報告顯示無精子，患者仍然可通過一定時期內分泌治療，進而通過顯微取精技術，找到精子，其成功概率為20%左右。
男性若檢查發現無精子，依然可進行試管嬰兒，且絕大多數無精子症患者都可進行試管嬰兒。若為梗阻性無精子症，患者可通過手術使輸精管道恢復通暢；如果是非梗阻性無精子症，患者可通過顯微取精技術找到精子，通過輔助生殖技術進 行生育。