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扁平疣用冷凍的方式治療會有一定的效果，但是很難徹底根除，冷凍主要是利用液氮的極低溫度，讓表面的疣體組織快速凍傷、凍死，從而脫離正常的皮膚表面，達到治療的效果。在冷凍的過程當中要注意以下幾點：
臉上的扁平疣可以用激光或者外用藥物治療，激光主要包括電離子、二氧化碳點陣激光、調Q點陣激光等等。外用的藥物主要包括干擾素凝膠、咪喹莫特乳膏、斑蝥素乳膏等等。臉上的扁平疣很多，考慮與抵抗力降低有關係，如果免疫力比較低，建議口服提高免疫力的藥物，比如轉移因子膠囊、轉移因子口服液、貞芪扶正膠囊、貞芪扶正顆粒。
咪喹莫特乳膏在臨床上可以用於去扁平疣。這種藥膏是採用5%的製劑，主要是以軟膏的製劑直接外塗於感染的扁平疣部位。一般一週可以使用三次左右，大多是採用間一天外塗一次，直接塗抹於皮膚部位。它的作用機理主要是誘導感染細胞的α干擾素，從而直接的抗病毒，起到這樣的作用。
眼部扁平疣是發生在眼皮上的皮膚疣，它是由人乳頭瘤病毒感染而導致的一種疾病，從外在症狀表現上是眼部突然之間出現一些褐色，或者是接近膚色的突起，而且摸起來表面是比較粗糙、硬的，界限一般是很清晰。但脂肪粒分為兩種情況，第一種情況叫做汗管瘤，第二種情況叫做粟丘疹。一般粟丘疹與扁平疣是非常容易來進行鑑別的，因為粟丘疹是在眼周會出現突起，表面比較尖而且比較圓的小疙瘩，裡面可以有小角質球被擠壓出來。
治療扁平疣的中藥有柴胡、元胡、鬱金、磁石、龍骨、牡蠣、當歸、生地、丹皮、苦參、黃柏、川芎、金銀花、大青葉、魚腥草等藥物。中醫認為扁平疣大多與肝鬱氣滯有關係，所以在治療時候使用疏肝理氣藥物多一些，但也認為與內有溼熱有關係，所以會配合清熱、解毒、利溼的中藥同時治療。
臨床上治療扁平疣的方法很多，不存在最佳的方法，可以通過一般治療、物理治療、外用藥物治療、口服藥物治療、手術治療等方式進行改善。扁平疣多因HPV病毒感染所致，主要發生在面部和手臂，表現為扁平的丘疹。患者需要根據自身情況選擇合適的方法，不可盲目追求所謂的最佳。
扁平疣在皮膚科非常常見，是病毒感染類疾病，感染的病毒是人類乳頭瘤病毒，簡稱HPV。經過治療以後，不管任何方法，如口服、外用中藥、西藥，甚至自體疣埋植等，扁平疣突然出現增多、發癢，甚至有一些會突出更加明顯、發亮，甚至像水泡一樣，這種情況往往是扁平疣快好的表現，是一個非常積極的、好的信號。