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胃鏡病理檢查主要目的是區分病變性質，一般做胃鏡後，臨床醫生會告訴胃鏡報告是什麼樣的，但是臨床醫生如果在胃鏡下看到胃裡長了一個凸起的東西，臨床醫生只是看到東西是凸起的，它的表面是什麼情況，這個病實質上是什麼東西，無法判斷。通過做胃鏡病理檢查， 把這個東西取出來送到病理科，病理科做成病理切片，病理醫生在鏡下做診斷，凸起的東西可能是良性病變，即胃息肉；也有可能是惡性的，像淋巴瘤、胃癌或者胃的神經內分泌腫瘤，這些具體的診斷都是由病理科做普通病理切片，再外加免疫組化病理切片綜合進行判斷，這就是胃鏡檢查的目的。比方萎縮性胃炎和非萎縮性胃炎，有沒有腸化、有沒有潰瘍，做胃鏡病理檢查可以明確。另外一類是看有沒有惡性病變、潰瘍或者凸起病變，是癌還是淋巴瘤，還是其他的惡性病變。總之，病理檢查的主要目的是對病變性質起確定的作用。
小腸腺癌在臨床上特別少見，因為做腸鏡的時候，腸鏡分為胃鏡和腸鏡，胃鏡最遠到十二指腸，一般小腸腺癌指十二指腸腺癌。腸鏡主要從下往上做，小腸位置基本查不到小腸腺癌，臨床上主要看到的是大腸腺癌，包括結腸、橫結腸或升結腸、降結腸、乙狀結腸等這些大腸腺癌，大腸腺癌大約80%是腺癌， 還有10%-15%是黏液腺癌。如果腺癌都是從絨毛管狀腺瘤發展而來，絨毛管狀腺瘤早期在腸鏡下切除，可以避免以後發展成腸腺癌，所以早期的腸鏡檢查非常重要。腺癌組織如果浸潤到黏膜下層以上，判斷是早期癌，淋巴結轉移較5年的生存率也比較高。腸腺癌根據腺癌浸潤到肌壁的深度，在臨床上進行TNM分期，判斷腸癌的癒合情況。
胃黏膜活檢一般依據醫生在內鏡下觀察到的具體情況而定，並非所有患者均需進行活檢。一般如果胃黏膜有潰瘍、息肉、腫塊、糜爛等病變時，會取胃黏膜進行病理檢查，主要目的是明確病變性質。此外，部分炎症性病變也需進行胃黏膜活檢，如慢性胃炎患者確診胃炎具體情況時，需確認是否發生萎縮、腸化，是否處於急性活動期等。活檢流程為取活檢組織送病理科；病理科核對、登記；病理科醫生取材、製片、閱片。
據廣州市第一人民醫院的數據顯示，乳腺穿刺活檢準確率在98.5%以上，少數情況活檢組織無法幫助明確診斷，提示醫生需再次進行穿刺活檢，造成這種情況的原因可能是臨床醫生未能準確穿刺至病變位置或穿刺組織樣本過少或診斷需要免疫組化來輔助檢查。活檢的準確率一般是與切除病變活檢後診斷的符合 性進行比較的，即比較兩者病理診斷是否一致，若檢測結果一致，則顯示穿刺活檢結果準確。
目前甲狀腺穿刺活檢不是穿刺組織進行活檢，而是甲狀腺穿刺液細胞學檢查，它與活體組織檢查略有不同，其準確率約95%以上。穿刺細胞學診斷後，臨床醫生會依據細胞學診斷結果進行手術病理組織切除，病理組織切除後，再進行病理組織學檢查，根據二者的檢查結果來判定細胞學 診斷與組織學診斷是否一致，若二者一致，則細胞學診斷準確。
液基薄層細胞學檢查技術是相對於傳統細胞學檢查技術而言的，它是利用液基薄層細胞檢查系統進行細胞學的分類診斷，其優點在於製片質量較傳統細胞學檢查更好，準確率大幅提升。一般該項檢查的主要目的是幫助篩查部分癌前病變或早期癌的篩查，如宮頸癌和宮頸癌前病變，宮頸液基細胞學檢查目前應用廣泛。此外，還有痰脫落細胞學、胸腹水脫落細胞學、尿液脫落細胞學的檢查，均可使用液基薄層細胞學檢查技術。
液基薄層細胞學檢查樣本的保存時間是指細胞保存液儲存時間，一般可以保存20天左右。一份細胞學樣本可以用來做液基細胞學檢查，宮頸細胞學檢查及HPV、DNA的分型檢測。細胞保存20天后，標本會被處理，但是製出來的切片，會根據患者是否有陽性結果選擇性保存，若有陽性結果，則樣本會被長期保存；若無陽性結果，15天左右標本會被清除。