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真菌性腦膜炎或真菌性腦膜腦炎，均屬於嚴重的中樞神經系統感染性疾病，大部分患者的預後均不是很好。真菌性腦膜炎，是由於真菌感染腦膜後，引起的中樞神經系統的感染。主要發生於免疫力低下的患者。在近幾年，本病的發病率有逐漸上升的趨勢，這是因為糖尿病的患者、器官移植、艾滋病的患者、大劑量服用激素或免疫抑制劑的患者，以及免疫力低下的患者越來越多，繼發出現真菌感染的問題。
判斷細菌性腦膜炎主要依據腦脊液檢查，細菌性腦膜炎的腦脊液檢查存在相應特點，即進行腰椎穿刺時，腦脊液外觀顏色渾濁，嚴重時可表現為膿性腦脊液，外觀渾濁或者呈膿性。細菌性腦膜炎的患者腦脊液壓力非常高，腦脊液的細胞數較高，可到1000×10^6/L甚至到10000×10^6/L以上。而且腦脊液的糖和氯化物水平均偏低，腦脊液蛋白含量明顯升高。
腦炎和腦膜炎的表現不同。腦炎指各種特異性及非特異性炎症，比如病毒、結核菌、細菌等引起的腦實質損害。一般患者會在頭痛、發熱、噁心、嘔吐等基礎上伴有神經功能損害，比如感覺、運動、認知功能障礙以及言語障礙、精神行為異常等表現。因為其是腦實質的損害，往往都會出現不可逆的情況。腦膜炎的表現較腦炎輕，其表現往往會侷限為頭痛、發熱、噁心、嘔吐。但是特殊感染，如隱球菌性腦膜炎會引起腦脊液壓力極度升高，在緊急情況下，異常增高的腦脊液壓力會導致腦疝，出現呼吸、心跳驟停等生命危險情況。總之，腦膜炎炎症會侷限在腦膜，往往及時就診和治療之後不會存在很多或者明顯的神經系統缺損等後遺症。