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肝硬化門靜脈血栓可以通過一定的手段進行治療，對於新近發生的血栓，可以通過早期的靜脈肝素抗凝治療，使得大量的患者血栓再通，口服抗凝藥物要維持比較長的時間。早期的門靜脈血栓也可以採用介入方式後置管，使用微量泵持續泵入尿激酶，從而進行早期的溶栓，使得門靜脈再通。
早期肝硬化經過治療以後可以逆轉。肝硬化多數是由肝炎演變而來，當肝細胞壞死以後會有相應的纖維組織修復損傷的細胞，隨著肝細胞壞死增多，肝臟纖維化程度越來越嚴重，肝臟變得越來越硬，久而久之便形成肝硬化。
患者11年前（2010年）因失代償期肝硬化合並脾功能亢進，腹水，凝血障礙。在上海市公共衛生臨床中心外科做脾切除加埋置輸液港輸注自體骨髓。肝功能逐漸好轉。 今天來再次做自體骨髓細胞治療。這種失代償期肝硬化患者如果常規藥物治療，多數一年左右發展到肝衰竭。自體骨髓細胞治療使肝硬化患者基本恢復健康。 療法改良 傳統的自體骨髓移植治療肝硬化需要手術埋置輸液港，需要住院一週左右，最近，劉保池教授團隊在和諾醫療細胞醫學中心做了療法升級完善：實施超聲引導肝內門靜脈移植自體骨髓細胞治療肝硬化，實現不做開腹手術，不用住院，當天可以回家。此改良療法適合早中期肝硬化患者。 中晚期肝硬化需要積極治療干預，目前除了肝移植之外，國際文獻中可查證的有效的療法是間充質幹細胞療法和自體骨髓移植療法。間充質幹細胞療法在我國尚處於臨床研究階段，還沒有開展臨床治療。自體骨髓移植療法由復旦大學劉保池教授團隊從2009年開展，迄今治療中晚期肝硬化患者400多例，療效顯著：大部分患者腹水消失，肝臟體積增大，肝功能明顯改善。骨髓中存在類胚胎樣細胞。在一定條件下，此類細胞可以分化成多種功能細胞或組織器官，對硬化的肝臟中損傷細胞有修復作用。骨髓幹細胞好比種子，幹細胞周圍成分好比土壤，種子土壤一起移植可能更有利於幹細胞在受損傷器官的轉化增生。受損傷器官的微環境，比任何實驗室模擬的細胞培養增生環境更適宜幹細胞對自體損傷組織細胞的修復作用。自體骨髓移植治療肝硬化的相關成果於2013年7月發表在國際權威期刊《自然·細胞死亡與疾病》（CellDeath&Disease）上。2016年，中國新聞網為此發表新聞通訊《中國醫學專家創新採用“種子土壤移植法”成功治療肝硬化》。
肝硬化出現腹水、便血非常嚴重，說明已經到了終末期肝病，也就是失代償期肝硬化階段，並且出現非常嚴重的併發症，如肝硬化腹水併發消化道出血。肝硬化出現腹水還需要進一步明確，是自發性腹膜炎還是癌性的腹水。