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胃食管反流微創手術相當於功能修復性手術，並無嚴格意義上的後遺症，但任何手術均存在一定風險。腹腔鏡下或者機器人抗反流手術屬於功能性手術，並不破壞或切除器官，但手術修補時可能出現常規的出血、神經損傷，甚至手術做摺疊時，摺疊過緊會導致無法下嚥。因此需到大的醫院做手術，才能夠保證手術的質量。
抗反流手術可以根治胃食管反流病，而且是全世界公認的唯一針對胃食道反流病發病機制進行的治療手段，是治療胃食管反流的金標準。該手術自1951年開始操作，1991年開始用腹腔鏡操作。
胃食管反流病患者可以服用的藥物，一種是抑酸劑，即質子泵抑制劑，目前常用的有奧美拉唑、艾司奧美拉唑、雷貝拉唑、泮托拉唑及蘭索拉唑，輔助用藥包括促動力藥，如莫沙必利、伊託必利、馬來酸曲美布汀，或者是黏膜保護劑，稱為制酸劑，主要保護食道黏膜和胃黏 膜，包括鋁碳酸鎂、鋁鎂加混懸液、複方鉍製劑，均可以作為黏膜保護劑，使其鋪在食道和胃表面。
胃食管反流病主要是因胃酸反流到食管，而食管不耐受酸的環境而造成相應疾病。某些食物容易影響食管下括約肌功能，從而造成胃食管反流症狀，故胃食管反流患者平時要注意少飲濃茶、咖啡，避免進食甜食和過酸的食物。
胃食管反流除了典型的反酸、燒心症狀以外，還有不典型的症狀，比如可能因為反流症狀而引起口腔異味。若是由胃食管反流所致口腔異味，進行相應的治療和生活指導，即可緩解症狀。
胃食管反流病一般不會危及生命。正常情況下，食管與胃交界的部位存在高壓帶，部分患者會出現高壓帶鬆弛，胃內容物會反流到食管，導致胃食管糜爛，患者會出現食管症狀或食管外症狀。
胃食管反流病通過2個月的正規治療，多數患者的胃黏膜會癒合。正常人在食管交界處有一個高壓帶，如果患者年齡較大，合併高血壓、肥胖，有可能引起食管下括約肌鬆弛，胃內容物會反流到食管，由於胃液中有胃蛋白酶、胃酸，所以 會引起食管炎，食管內有條狀糜爛。
嚴重的胃食管反流會影響到患者的生活質量，臨床上較為常見，長期胃血管反流可能造成患者焦慮、緊張，甚至有部分患者還會出現抑鬱表現。出現心理異常時患者無需難以啟齒，應與醫生進行溝通，請專業的心理科醫生進行治療，若不進行系統治療，不敢與醫生表達症狀，胃食管反流無法得到較好控制。