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肝內膽管結石能否做微創手術，主要視醫院的條件、手術者的經驗、疾病的特點等而定。肝內膽管結石治療的最根本原則是，無論開放手術或者腹腔鏡微創手術，肝內膽管結石手術必須滿足兩個條件，即能否解除梗阻和能否取淨結石。如果 手術者能做到這兩條，該治療應該是很成功的。但無論採用哪種方式，必須解除梗阻，取淨結石。
肝內膽管結石主要是在肝內膽管，喝水和肝內膽管結石的排出沒有任何關聯，而且肝內膽管結石多半合併有膽管的狹窄，所以喝水排石這一說法並不成立。肝內膽管結石目前也沒有藥物可用，因為肝內膽管結石往往合併有狹窄，狹 窄和結石在肝內膽管結石的發病過程中是互相促進的，沒有什麼藥物可以預防肝內膽管結石的發生，唯一預防肝內膽管結石的做法就是把手術做好，做到取淨結石、解除梗阻這兩個原則，才能使肝內膽管結石達到治癒目的。
肝內膽管結石的症狀與結石的大小、位置、是否完全梗阻關係非常密切，所以不能單純以大小來看。因為肝內的膽管的分級、粗細不一樣，結石的位置也非常重要，最關鍵的問題是結石是否引起症狀。結石梗阻可引起膽管的擴張、膽道的感染，或者只是在主要的膽 管，還會引起黃疸。如果出現以上症狀，就要及時治療，不能單純以結石的大小來判斷疾病的輕重，或者需要不需要治療。要根據綜合情況來判斷，而不是單純靠結石的大小來判斷。總之，膽管都比較細，往往都在幾毫米以下，所以結石一般超過1cm，都要採取手術治療才能取出結石。單純靠溶石和排石的辦法不能解決問題。如果結石小，可以採用溶石的藥物、排石的藥物，或者是中藥疏肝利膽的藥物，可有非常好的效果。
肝內膽管小結石實際上是在體檢中比較常見的情況，症狀應該不嚴重，因為結石實際上是從膽管、肝總管到三級膽管的逆行發展。如果是單純的肝內膽管小結石，不伴有膽管擴張，實際上不需要臨床特殊處理，病人一般也沒有腹痛、發燒等膽道感染的表現。因此建議，如果發現肝內 膽管的小結石，在B超沒有發現膽管擴張的情況下，建議暫不做臨床處理，病人可以每3-6個月來醫院做複查。複查手段採用的是彩超，這是最常見的最多選用的一種手段。如果就診醫院的條件有限，可以做平掃CT來複查，觀察的主要目的是結石位置有沒有變化，有沒有繼發膽管擴張。如果病人出現膽管擴張，局部肝段萎縮，這時需要做臨床治療。
肝內膽管結石跟腎結石是兩個不同的形成機制，腎結石跟水裡面鈣質有一定關係，肝膽管結石主要跟血脂、膽固醇有關，建議肝膽管結石病人一定清淡飲食。在臨床中發現，有些女同胞減肥，不吃早餐的病人更容易形成膽囊結石，勸告早餐必須吃，因為早餐不吃膽囊裡面濃度很高，容易形 成膽固醇結晶形成結石，這是臨床中比較常見的情況。如果發現肝膽管結石不用緊張，定期大概1年左右醫院做B超或者抽血，看肝功能情況，可以把握身體的全面狀況。
目前對肝內膽管結石的病人不建議做體外超聲碎石，因為20多年間的工作中發現，這類病人經過碎石以後結石未必能夠排出來，同時在排出的過程中，反而帶來一系列不舒服的症狀，所以建議肝內膽管結石的病人，只需要 定期醫院檢查做B超就可以，並不是所有肝膽管結石病人都需要手術治療。肝內膽管結石很難自行排出，只要定期1年左右做B超複查，注意變化，有沒有合併肝膿腫、有沒有結石明顯增長、合併其他不好的信息就可以，不需要刻意做其他治療跟處理。