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肝內膽管結石的藥物治療，目前主要是針對肝內膽管結石，引起膽道感染時候的退熱、對症消炎、解痙止痛的處理，目前尚沒有確切的藥物，能夠針對肝內膽管結石進行消除治療，肝內膽管結石目前最主要的治療方法是依靠手術治療。
臨床上應該是指肝內膽管結石和肝外膽管結石的區別，肝內膽管結石是指左右肝管匯合部以上的膽管發生結石，而肝外膽管結石是指左右肝管匯合部以下的膽管發生結石，包括肝總管和膽總管。對於肝內膽管結石來說，大部分沒有症狀，少部分患者可能具有膽管炎症狀，比如腹痛、發燒，還有膽汁淤積引起的膽道梗阻、黃疸症狀。
肝內膽管結石手術隨著現在科學發展，如果在左右肝管的結石，可以考慮在內鏡下做ERCP取石，如果效果不佳時需要手術治療。肝內膽管結石的手術多是還是傳統手術，還有一些特殊部位也可以採用微創手術。
大部分肝膽管結石都比較小，0.6cm以下的結石可以自行排出，沒有必要手術干預，患者病情通常不嚴重。但是，如果肝膽管結石＞1cm，甚至更大的結石，或者患者病情比較嚴重，就有可能需要及時手術干預。
肝膽管結石可以治癒。肝膽管結石的形成和患者體質、生活習慣、飲食習慣都有關係。體質因素無法改變，但是飲食習慣、生活習慣可以改變，良好的生活和飲食習慣有助於治療肝膽管結石。患者可以使用藥物治療，比如熊去氧膽酸、鵝去氧膽酸，可以起到稀釋膽汁、溶石作用。一部分患者靠吃藥和改變生活習慣即可達到治癒目的。
多數肝內膽管結石手術不用切肝。如果結石侷限在肝門膽管或者某一肝段、肝葉膽管中，經肝門膽管切開以後，使用膽道鏡進入擴張的膽管，把結石取出，可以保住正常肝組織。因為切肝本身有手術創傷，而且患者肝組織缺失對預後有影響，因此此時儘量避免切除肝臟。
肝內膽管結石，顧名思義是一種結石，主要是膽汁中含有的膽紅素，在代謝過程中析出的結晶。肝內膽管結石與膽總管結石形成原因相似，可能在膽紅素結晶析出以後，逐漸下移到肝內膽管或者是膽總管，通常是先形成肝內膽管結石較為常見。