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肝內膽管結石多大進行手術，一般臨床上無嚴格要求，主要根據有無症狀來決定。單純肝內膽管結石大小不是衡量手術的指徵，要看膽道結石分佈的位置、範圍，以及是否造成肝臟形態和結構的改變，具體情況如下：
肝內膽管結石和鈣化是兩種不同的疾病，肝內膽管結石或鈣化是指在超聲或者CT圖像肝臟出現強回聲或者高密度影，單從形態上很難區分結石或者鈣化。肝內膽管結石多伴有近側膽管狹窄和遠側膽管擴張，鈣化灶不合並肝內膽管擴張。
肝膽管結石手術時間很難判斷，簡單肝膽管結石手術時間僅需不到1小時，而複雜的肝膽管結石手術時間需要5-6小時，甚至一次手術無法完全根治，需多次手術才能完成。相比肝內膽管結石，大部分肝外膽管結石治療比較簡單，可通過膽總管切開膽道鏡取石或者內鏡ERCP方式進行，手術花費時間相對較短。少部分肝外膽管結石合併膽管下段狹窄者需行膽腸內引流手術，時間會相應增加。
肝膽管結石微創碎石主要是指膽道術後肝內膽管殘餘結石行膽道鏡取石。不同級別醫院，不同地區醫院收費標準不同，通常3000-4000元左右。部分複雜型肝膽管結石患者因為各種原因無法行手術治療，也可經脾、經肝膽道鏡取石，一次約7000-8000元。不同地區、不同級別醫院收費標準不一樣，沿海比內陸收費稍高。
肝膽管結石手術風險與手術方式有很大關係，膽管手術術式有大有小。肝內膽管結石通常術式複雜，比如肝葉切除、半肝切除，在手術過程中可能出現大出血，手術風險比較高。肝外膽管結石、膽囊結石手術也有風險，但是相對於肝內膽管結石手術風險相對較低。
肝內膽管結石需先經CT或者核磁評價，再決定是否需要治療。雖然也有肝內膽管結石常年刺激，引起肝內膽管癌變的病例，但是關鍵看部位、大小、病人的症狀，比如在肝右葉較小、散在，經過定期觀察，大小沒有變化，病人也沒症狀，化驗腫瘤標誌物如CA19-9沒有高，可以觀察，無需 治療。
肝內膽管結石患者早期可無明顯臨床症狀或者出現上腹部飽脹不適，一般不會引起患者重視。隨著病情進展，其主要臨床表現為上腹部疼痛，疼痛常放射至右側肩背部，急性發作時可伴有畏寒、發熱並出現黃疸，腹部體格檢查時肝區壓痛、叩擊痛明顯。經消炎等治療後，上述症狀可以大部分緩解，但會反覆發作，嚴重者可出現全身膿毒症狀以及感染性休克，後期可導致肝硬化，表現為腹水、黃疸、上消化道出血、肝功能衰竭等。
肝內膽管結石發生率比較高，經常會出現不適的症狀，若為肝內膽管結石，還需要手術干預。一種手術方式是內鏡取結石，另一種手術方式就是切除肝內膽管結石所在膽管區域的肝臟組織，手術視情況而定，不能一概而論。
任何手術都具有一定的風險，肝內膽管結石手術視兩種手術方式而定。如果是內鏡手術，風險很低，通過內鏡微創有利於肝臟的恢復，因為不損傷肝臟，肝功能不受影響，肝內膽管內鏡手術幾乎沒有風險。
肝內膽管結石是膽繫結石的特殊類型，肝內膽管結石是指發生在肝總管以上部位直至肝內的結石。此類結石常見於東南亞地區，包括我國。在國內地域多見於東南和西南部，而北方肝內膽管結石患者發病率較低。肝內膽管結石一旦形成，不可能自愈。部 分患者在體檢時發現肝內膽管有膽汁淤積，若懷疑有肝內膽管結石，應及時做CT或者磁共振檢查，明確是否患有肝內膽管結石。若只是膽泥和膽汁淤積，沒有形成明確的肝內膽管結石時，可以服用利膽藥及稀釋膽汁的藥物，從而幫助清理膽泥及膽汁淤積。此外，肝內膽管結石一旦形成無法自愈，一定要及時前往醫院就診。
肝內膽汁的淤積多與膽道系統排泌不暢有關，絕大多數與肝內膽管結石密切相關。這類疾病發生時，患者會出現肝區的疼痛。隨著症狀的加重，甚至會出現肝膿腫、發熱、噁心、黃疸，嚴重的還會出現感染性休克。所以對於這類病症，要早期診 斷和早期發現，防止膽道系統嚴重梗阻，造成肝臟的損傷和肝硬化。對於這類患者，要進行嚴密的跟蹤觀察，必要的時候需要進行外科手術治療，長期的治療多以內科控制為主，定期複查，嚴密巡視。
肝內膽管結石的手術方式，主要視其有無解剖異常而定。如果有解剖異常，比如肝內膽管結石合併有肝內膽管狹窄，且狹窄很明顯，侷限在一側肝葉，這時候肝內膽管結石的手術方式是進行肝部分切除，即在狹窄段內進行肝葉切除。如果肝內外膽管結石在手 術前通過核磁檢查，證實沒有肝內膽管狹窄，這時手術方式比較簡單，只需放置一個T管在膽總管，手術後再用碎石機結合膽道鏡，進行碎石處理，把肝內膽管結石中每一個分支的膽管結石都粉末化，使其從自然腔道排出，以上都是肝內膽管結石的手術方式。且肝內膽管結石也可採取做微創手術等，但是手術要注意以下原則：第一原則是取淨結石；第二原則是通暢引流；第三原則是解除梗阻。
肝內膽管結石手術後複發率是比較高的，複發率＞10%。肝內膽管結石是否復發，主要根據肝內膽管狹窄的處理方式、處理是否有效而定。如果肝內外膽管及狹窄沒有進行合適、有效地處理，則肯定會復發。解除肝內膽管狹窄是防止肝內膽管結石 復發的最重要舉措。另外，肝內膽管結石如果狹窄侷限於一側肝葉，手術時應將狹窄病變部位膽管連同肝臟一部分切除，如果肝內膽管結石狹窄不是很嚴重，是一種比較瀰漫的情況，可以用膽道鏡合併球囊擴張術，把膽道每個分支的膽管都擴張，再取淨結石。取淨結石和解除狹窄是治療肝內膽管結石、防止復發的必備條件。如果做不到這兩條，肝內膽管結石肯定會復發。